Журнал клинической и клеточной иммунологии
Открытый доступ

Абстрактный

Филогеномный анализ характера передачи ВИЧ среди групп высокого риска в северо-западной Индии

Чандар Канта Чаухан, П.В.М. Лакшми1, Фулен Сарма, Вивек Сагар, Аман Шарма, Сунил К.Арора, Раджеш Кумар*

Предыстория: Молекулярные методы могут повысить эффективность эпидемиологических исследований для идентификации сетей передачи ВИЧ. Эта информация может быть полезной для разработки стратегии передачи ВИЧ. Поэтому мы провели исследование передачи характеристик среди вновь диагностированных случаев ВИЧ среди групп высокого риска (HRG) северо-западной Индии с использованием филогенетических методов.

Методы: Филогеномный анализ был проведен среди 37 случайно выбранных образцов недавно инфицированных HRG, идентифицированных с помощью метода тестирования недавних признаков (RITA) с использованием анализа предельной антигенной авидности. Была проведена амплификация области обратной транскриптазы гена пол (540 пар оснований) и секвенирование. Референтные последовательности были извлечены из базы данных ВИЧ Лос-Аламос. По последовательностям, выровненные по Clustal W и подтипу ВИЧ-1, были зафиксированы на основе филогеномного анализа по последовательности pol. Филогенетические деревья были построены с использованием MEGA (версия 11.0).

Результаты: филогия четко показывает, что контрастные изоляты RTFSWCHD и RTFSWPB007 кластеризуются с индийскими референсными постоянностями AY746371 и EU683781 и непальской последовательностью KX430115 и искажением с ними. Другие сопоставимые изоляты (RTFSWCHD001, RTFSWPB005, RTFSWCHD002, RTFSWPB006, RTFSWHR008, RTFSWHR009) кластеризуются едиными между собой без каких-либо взаимосвязей с другими референсами. Один дополнительный изолят (RTFSWHP004) кластеризуется близко к зимбабвийскому изоляту AY998351. Филогия показывает, что исследование изолирует клады MSMCHD005 отдельно от индийских ссылок (DQ838761, EU683781 и AY746371), а также очень тесно связано со ссылками из Китая (HG421606, JQ658754), Непала (JN023039) и Мьянмы (N223216, JN223183, КС913773). Другие совместимые изоляты (MSMCHD003, MSMHP007, MSMCHD004, MSMPB001, MSMPB002 и MSMHR006) включают в себя различные адаптеры между собой и вместе необходимые различные адаптеры. Эволюционное дерево показывает, что все последовательности современных исследований сформировали монофилетическую линию, т.е. е. по последовательности из Индии кластеризовались вместе больше, чем последовательно из любой другой страны. В последующем исследовании родство только с непальскими ссылками KX430115 и JN023035. Отсылки из Южной Африки, Великобритании, Норвегии, Китая и Мьянмы сгруппированы в отдельный клад.

Заключение: Молекулярно-эпидемиологические методы позволяют сохранять моменты передачи; следовательно, филогенетические методы могут использоваться в дозорном эпиднадзоре за передачей ВИЧ по сетям Диптихов.