Журнал клинических испытаний
Открытый доступ

Абстрактный

Биоинформатический анализ: роль LINC00634 в колоректальной карциноме

Фан Лю, Фэнъихуань Фу*, Юцян Не

Предыстория: LINC00634 высоко экспрессируется в раке пищевода, и его истощение может подавлять жизнеспособность и вызывать апоптоз клеток рака пищевода. Однако, наблюдается отсутствие исследований, которые изучают связь между экспрессией LINC00634 и клиническими патологическими особенностями, результатами выживания, прогностическими факторами и инфильтрацией опухолевых иммунных клеток у пациентов с колоректальной карциномой (КРР).

Цель: Мы стремимся изучить роль LINC00634 в колоректальной карциноме.

Методы: Мы получили данные из общедоступной базы данных TCGA (The Cancer Genome Atlas), базы данных GTEx (Genotype-Tissue Expression) и клинических образцов. Для оценки связи между экспрессией LINC00634 и клинико-патологическими характеристиками пациентов с КРР использовались критерий суммы рангов Вилкоксона, критерий Краскела-Уоллиса и логистический регрессионный анализ. Кривая рабочей характеристики приемника (ROC) была построена для оценки способности LINC00634 различать пациентов с КРР и здоровых людей на основе показателя площади под кривой (AUC). Для оценки связи между прогностическими факторами и результатами выживаемости были проведены одномерный и многомерный анализы. Для определения вклада экспрессии LINC00634 в прогноз пациентов с колоректальной карциномой использовались кривые Каплана-Майера и регрессионный анализ Кокса. Анализ иммунной инфильтрации и анализ обогащения набора генов (GSEA) были проведены для выявления существенно вовлеченных функций LINC00634. Наконец, была построена номограмма для внутренней проверки на основе данных регрессии Кокса.

Результаты: Экспрессия LINC00634 была повышена у пациентов с КРР и заметно ассоциировалась со стадией N, остаточной опухолью, патологической стадией и событием общей выживаемости (OS). ROC-кривая показала, что LINC00634 обладает сильными диагностическими и прогностическими возможностями (AUC=0,74). Высокая экспрессия LINC00634 может предсказывать плохую выживаемость при определенном заболевании (DSS; P=0,008) и плохую выживаемость при перерасчете (OS; P<0,01). Экспрессия LINC00634 была независимо связана с OS у пациентов с КРР (P=0,019). Анализ GSEA и иммунной инфильтрации показал, что экспрессия LINC00634 участвует в транскрипции генов, эпигенетической регуляции и функциях определенных типов иммунных инфильтрирующих клеток. Индекс c номограммы составил 0,772 (95% ДИ: 0,744–0,799).

Заключение: Наше исследование показывает, что LINC00634 может служить потенциальным прогностическим биомаркером для пациентов с колоректальным раком.