Журнал противовирусных и антиретровирусных препаратов
Открытый доступ

Абстрактный

Обнаружение нового коронавируса (SARS-CoV-2) методом полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией в реальном времени, Китай, 2020 г.

Хуахуа Фэн, Хунлун Ву, Хуагуй Ван, Цзяньин Юань, Лу Чен, Хуэй Цзинь, Линлин Ян, Цзиньинь Чжао*, Личэн Лю*, Вэйцзюнь Чен*

Предыстория: Во время вспышки необъяснимой пневмонии в городе Ухань в конце декабря 2019 года причиной этой вспышки был идентифицирован новый коронавирус под названием SARS-CoV-2.

Методы: Для обнаружения и идентификации SARS-CoV-2 была создана полимеразная цепная реакция в реальном времени, которая нацелена на ген orf1ab вирусного генома. Мы использовали этот анализ для скрининга 309 образцов от лиц с подозрением на инфекцию SARS-CoV-2 в Ухане. Затем были обнаружены 6 близких филогенных коронавирусов и 7 вирусов, которые могут вызывать пневмонию. Кроме того, были также протестированы 57 клинических образцов, инфицированных другими вирусами, и 77 здоровых образцов.

Результаты: Предел обнаружения анализа составил 6,25 копий на реакцию при обнаружении кРНК, транскрибированной in vitro . Результаты обнаружения мазков из зева и кала у лиц с подозрением на инфекцию SARS-CoV-2 показали, что мазки из зева были более чувствительны, чем мазки из кала в течение первых 15 дней после появления симптомов (из зева: 56,80%, из кала: 30,43%), тогда как ситуация была обратной через 15 дней (из зева: 20,83%, из кала: 27,58%). А парные тесты показали, что образцы мокроты имели более высокую вирусную нагрузку, чем мазки из зева у пациентов (P < 0,05). Не было никакой перекрестной реакции, когда мы обнаружили неактивную культуру шести других коронавирусов (человеческий коронавирус 229E, NL63, OC43, HKU1, SARS-CoV, MERS-CoV) и семи других вирусов (вирус гриппа A H1N1, вирус гриппа A H3N2, вирус гриппа B, вирусы парагриппа 1, 2 и 3; и респираторно-синцитиальный вирус). Кроме того, 27 образцов BALF от пациентов с пневмонией, инфицированных человеческим коронавирусом 229E, OC43, HKU1 или человеческим аденовирусом 7, 30 мазков из горла от пациентов, инфицированных H1N1, и 77 мазков из горла от здоровых людей дали отрицательный результат с помощью этого анализа.

Заключение: Результаты показали, что анализ специфически и чувствительно обнаруживает SARS-CoV-2.