Передовые методы в биологии и медицине
Открытый доступ

Абстрактный

Улучшают ли методы извлечения антигенов выход ДНК из фиксированной формалином и залитой парафином ткани?

Субаш Говендер и Ричард Найду

В этом исследовании изучалось использование варки под давлением с различными растворами для извлечения при различных значениях pH для определения оптимального протокола для извлечения высококачественной ДНК из тканей, фиксированных формалином и залитых парафином (FFPE). Кроме того, также изучалось влияние окисления на архивированные ткани FFPE в зависимости от возраста тканевых блоков. Основной целью исследования было изучение этой методики на 11 случаях рака желудка. Дизайн нашего исследования был основан на принципах методики извлечения антигена с использованием обычной скороварки для улучшения качества ДНК, извлеченной из тканей FFPE. Помимо рака желудка, для устранения смещения тканей использовались лимфома, рак молочной железы, рак предстательной железы и колоректальный рак. Статистическая корреляция была проведена с использованием парного t-критерия и теста Бенджамини-Хохберга. Наши результаты показывают, что высокие концентрации ДНК были получены с использованием различных растворов для извлечения с варкой под давлением по сравнению с контрольными образцами, которые не подвергались этой процедуре. Средняя концентрация ДНК увеличилась со всеми протестированными растворами, но выход ДНК был значительно выше в 3 из 4 использованных растворов для извлечения. Использование растворов для извлечения антигена при высоком давлении и температуре, обеспечиваемых приготовлением под давлением, может позволить обратить вспять эффект сшивания формалина в тканях FFPE. Кроме того, наблюдение, что ДНК, извлеченная из недавно обработанных блоков, имела превосходный выход по сравнению со старыми блоками тканей, подтверждает, что окисление действительно оказывает ухудшающее воздействие на ДНК.