Журнал хроматографии и методов разделения
Открытый доступ
ISSN: 2157-7064
ISSN: 2157-7064
Хуан X, Чжоу Х
АБСТРАКТНЫЙ
Для большинства описанных подходов протеомики экстракция белка и подготовка образцов имеют решающее значение для достижения оптимальных результатов. Однако экстракция белка из тканей сельскохозяйственных культур остается большой проблемой из-за низкого содержания белка и обильных вторичных метаболитов, которые заметно мешают изоэлектрическому фокусированию и последующему протеомному анализу. До сих пор не было попыток сравнить процедуры экстракции белка из молодых метелок риса. Чтобы установить высокоэффективный протокол экстракции белка, подходящий для двумерного электрофореза (2-DE) в молодых метелках риса, были оценены шесть протоколов подготовки белка: (1) экстракция фенолом; (2) экстракция Mg/Nonidet P-40 (NP-40); (3) осаждение трис-основанием/ацетоном; (4) экстракция SDS; (5) экстракция трихлоруксусной кислотой (ТХУ)/ацетоном/фенолом; (6) осаждение ТХУ/ацетоном. Исследование явно демонстрирует, что метод TCA/ацетон/фенол обеспечивает высокую эффективность экстракции белка из молодых метелок риса, чем другие протоколы с точки зрения более высокого качества геля 1-DE, максимального количества (450) хорошо разрешенных пятен белка, большего разрешения и обилия пятен. Кроме того, эти методы также генерировали удивительно разные паттерны пятен белка двумерного гель-электрофореза. Двадцать девять из 30 видимых дифференциально извлеченных белков были идентифицированы с помощью анализа MALDI-TOF-MS/MS и были разделены на восемь категорий в соответствии с молекулярной функцией. Накопленные данные свидетельствуют о том, что различные методы экстракции соответственно требуют определенных специальных тканей растений из-за различных физико-химических свойств каждого протокола. В целом, это исследование, которое представлено в этой статье, будет способствовать предоставлению краеугольного камня сравнительного протеомного анализа молодых метелок риса, включая другие сложные ткани растений.