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Analyse moléculaire des biofilms des tubes endotrachéaux et des aspirats trachéaux dans l'unité de soins intensifs pédiatriques

Matthew K. Leroue, J. Kirk Harris, Katherine M. Burgess, Mark J. Stevens, Joshua I. Miller, Marci K. Sontag, Yamila L. Sierra, Brandie D. Wagner, Peter M. Mourani

Contexte : La pneumonie sous ventilation assistée (PAV) est une complication connue des enfants ventilés mécaniquement dans l'unité de soins intensifs pédiatriques (USIP). Les biofilms des sondes endotrachéales (TET) sont souvent impliqués dans le développement de la PAV en fournissant un conduit aux agents pathogènes vers les voies respiratoires inférieures. Méthodes : Une étude de cohorte prospective d'avril 2010 à mars 2011 chez des enfants de 4 semaines à 18 ans ventilés pendant plus de 72 heures pour déterminer le microbiote des biofilms des sondes endotrachéales et des aspirats trachéaux. Résultats : Trente-trois patients ont été inclus avec un âge moyen de 6,1 ans (ET ± 5,1 ans) et une durée moyenne d'intubation de 8,8 jours (ET ± 5,0 jours). Les communautés bactériennes des aspirats trachéaux et des extrémités proximales et distales des sondes endotrachéales ont été déterminées à l'aide de bibliothèques de gènes d'ARNr 16S. L'analyse statistique a utilisé des statistiques en deux parties et le test de somme des rangs signés de Wilcoxon pour comparer les communautés bactériennes. Le séquençage a révélé une prédominance du microbiote oropharyngé, notamment Prevotella et Streptococcus spp. Les genres bactériens pathogènes, notamment Staphylococcus, Burkholderia, Moraxella et Haemophilus, étaient également représentés. La charge bactérienne était la plus importante au niveau de la partie proximale de l'ETT. La durée de l'intubation n'a pas eu d'impact significatif sur la charge bactérienne. L'analyse de Morisita Horn sur les différents sites a montré des communautés similaires chez 24/33 (72 %) des patients. Conclusions : Les biofilms ETT et les aspirats trachéaux des patients intubés en USIP étaient principalement constitués de microbiote oropharyngé, mais présentaient une représentation significative de genres potentiellement pathogènes. Alors que la majorité des patients avaient un microbiote similaire lors de la comparaison de leurs biofilms ETT et de leurs aspirats trachéaux, un sous-ensemble de patients a montré une divergence entre les communautés qui nécessite une enquête plus approfondie.