Иммунные исследования
Открытый доступ
ISSN: 1745-7580
ISSN: 1745-7580
Рахул К Коллипара
Предыстория: Врожденный иммунитет является первой линией защиты, которую клетки-хозяева обеспечивают инфекциям. Макрофагальные клетки, участвующие во врожденном иммунитете, стимулируются липополисахаридом (ЛПС), обнаруженным на поверхности бактериальных клеток, для экспрессии сложного набора генных продуктов. Постоянная стимуляция ЛПС делает макрофаг толерантным к ЛПС с подавлением воспалительных генов («провоспалительные»), при этом постоянно экспрессируя гены для борьбы с бактериальной инфекцией («антибактериальные»). Взаимодействия факторов транскрипции (ТФ) в их родственных участках связывания ТФ (TFBS) на экспрессируемых генах важны в транскрипционных регуляторных сетях, которые контролируют эти провоспалительные и антибактериальные парадигмы экспрессии, участвующие в стимуляции ЛПС. Результаты: Мы использовали дифференциальные паттерны экспрессии в общедоступном наборе данных микрочипов из макрофагов, стимулированных ЛПС, для идентификации 228 провоспалительных и 18 антибактериальных генов. Используя три различных инструмента поиска мотивов, мы предсказали соответственно четыре и одно статистически значимое взаимодействие TF-TFBS из провоспалительных и антибактериальных наборов генов. Биологическая литература была использована для идентификации целевых генов для четырех провоспалительных профилей TF, предсказанных с помощью трех инструментов, и 18 из этих целевых генов, как было обнаружено, следовали провоспалительному паттерну экспрессии в исходных данных микрочипа. Выводы: Наш анализ различал провоспалительные и антибактериальные транскриптомные сигнатуры, которые классифицировали их соответствующие паттерны экспрессии генов и соответствующие взаимодействия TF-TFBS в макрофагах, стимулированных ЛПС. Таким образом, это исследование попыталось охарактеризовать временные различия в экспрессии генов, связанные с толерантностью к ЛПС, основным иммунным явлением, вовлеченным в различные патологические расстройства.