Журнал лекарственного метаболизма и токсикологии
Открытый доступ

Абстрактный

Прогнозирование антигенных связывателей пептидов MHC и связывателя TAP белка COX1 с помощью подхода In Silico

Мишра С и Гомасе VS

В текущем анализе последовательность белка субъединицы I цитохрома c оксидазы (CO1 или MT-CO1) из GWD использовалась для изучения связывающего антигенный пептид MHC, предсказания антигенного пептида с помощью различных методов предсказания B-клеток, доступности растворителя белка, полярного и неполярного остатка для анализа областей, которые, вероятно, экспонируются на поверхности белка. Из белка фрагмент пептида может быть использован для анализа, и конкретный нонамер может быть выбран для рационального проектирования вакцины. В этом исследовании алгоритмы PSSM и SVM применяются для поиска связывающих пептидов MHC I и MHC II. Мы также предсказали высокоаффинные связывающие пептиды TAP белка CO1 из GWD, имеющие 205 аминокислот, которые показывают 197 нонамеров. На основании полученных результатов мы прогнозируем, что антигенный пептид белка субъединицы I цитохрома с оксидазы (митохондрии) может играть важную роль и может стать наиболее подходящим кандидатом для разработки субъединичной вакцины на основе открытия того, что при использовании одного эпитопа иммунный ответ может быть вызван в большой популяции.