Транскриптомика: открытый доступ
Открытый доступ

Абстрактный

В поисках более толерантного риса: как высокие концентрации железа влияют на альтернативный сплайсинг?

Артур Тейшейра де Араужо Жуниор, Даниэль да Роза Фариас, Райлсон Шрайнерт дос Сантос, Марсело Ногейра ду Амарал, Луис Виллиан Пачеко Ардже, Даниэла де Кассия Оливейра, Соланж Феррейра да Силвейра Сильвейра, Рожериу Оливейра де Соуза, Эухения Хасира Боласель Брага, Лусиано Карлуш да Майя и Антонио Коста де Оливейра

Рис (Oryza sativa L.) является глобальной основной продовольственной культурой и важным модельным организмом для изучения растений. Недавние отчеты показали, что на альтернативный сплайсинг влияют многие стрессовые условия, что свидетельствует о его важности для адаптации к неблагоприятным условиям. Из-за небольшого количества информации по этому вопросу данное исследование было направлено на изучение изменений в моделях сплайсинга, которые происходят в ответ на высокую концентрацию железа в питательных растворах. Здесь мы количественно оценили различные виды соединений и событий сплайсинга в транскриптоме относительно толерантного сорта риса BRS Querência при избытке железа с концентрацией 300 мг л-1 Fe+2. Растения, содержащиеся в стандартных условиях (контроль), представили 127 781 различных соединений сплайсинга, в то время как растения, подвергшиеся стрессу, имели 123 682 различных соединений. Канонические (98,85% и 98,91%), полуканонические (0,73% и 0,70%) и неканонические (0,42% и 0,40%) соединения были обнаружены в контрольных и стрессовых растениях соответственно. Сохранение интрона было наиболее частым событием (44,1% и 47,4%), за которым следовали 3'-сайт сплайсинга (22,6% и 21,9%), пропуск экзона (18,9% и 17,3%) и альтернативный 5'-сайт сплайсинга (14,4% и 13,4%) в контрольных и стрессовых растениях соответственно. Мы также обнаружили 25 дифференциально экспрессируемых генов (пять с повышенной и 20 с пониженной регуляцией), которые связаны с посттрансляционными модификациями. Эти результаты представляют собой важный шаг в понимании того, как реакции растений на стресс происходят в генотипе, устойчивом к железу, раскрывая новые гены, участвующие в реакции на стресс железа.