Журнал противовирусных и антиретровирусных препаратов
Открытый доступ
ISSN: 1948-5964
ISSN: 1948-5964
Судха Шривастава и Мина Каньялкар
Для разработки эффективной вакцины против ВИЧ важно изучить взаимосвязь между разнообразием последовательностей и конформациями основных нейтрализующих детерминантных (PND) пептидов, гипервариабельной области gp120. Два фрагмента 318-327 и 315-329 gp120 картируются как PND и могут вызывать специфическую для ВИЧ-1 цитотоксическую активность лимфоцитов, которая может убивать инфицированные вирусом клетки. Следовательно, разработка более упорядоченной и биологически релевантной конформации иммуногенной области из петли gp120-V3 может помочь в разработке более эффективных иммуногенов для разработки вакцины против ВИЧ-1. Чтобы прояснить оптимальные структурные предпочтения, мы исследовали конформационную адаптивность двух фрагментов из петли V3 gp120, которая содержит последовательность GPGR, охватывающую в основном коронную область. Спектроскопия ядерного магнитного резонанса (ЯМР) и моделирование молекулярной динамики (МД) использовались для картирования конформации в различных системах растворителей, таких как вода и гексафторацетон (ГФА). В HFA более крупный фрагмент, 315-329, демонстрирует некоторую степень склонности к образованию вторичной структуры. Это указывает на то, что длина фрагмента имеет решающее значение для достижения вторичной структуры, которая может отвечать за гипервариабельный статус петли V3. Однако в воде оба фрагмента не показывают никаких особых конформационных предпочтений.