Журнал садоводства
Открытый доступ
ISSN: 2376-0354
ISSN: 2376-0354
Лю Чан, Лю Чжиюн, Е Сюэлин, Ван Ихэн, Мэн Цянь и Фэн Хуэй
Цветы являются наиболее сложным и привлекательным органом цветковых растений, которые играют важную роль в репродуктивном процессе покрытосеменных растений. В этом исследовании мы использовали высокопроизводительное секвенирование следующего поколения (RNA-Seq), чтобы получить представление о широком спектре транскрипционных событий, которые связаны с развитием лепестков китайской капусты ( Brassica rapa ssp. pekinensis). Мы выделили последовательности РНК из вегетативной массы на стадии четырех листьев и лепестков в их полном цветении. Последовательности были выровнены с референтным геномом и проанализированы для измерения уровней экспрессии генов и обнаружения дифференциально экспрессируемых генов (DEG). Всего было получено 11 079 DEG, из которых 3900 DEG были повышены в образце лепестков, а 7179 были понижены. В 1595 специфически экспрессируемых генах (SEG); 303 SEG продемонстрировали положительную регуляцию с 1292 отрицательными регуляциями. Анализ Gene Ontology (GO) был дополнительно использован для распознавания основных биологических функций DEG. Впоследствии, используя анализ обогащения KEGG, мы обнаружили, что DEG были вовлечены в 125 путей. Наконец, количественная ПЦР в реальном времени (qRT-PCR) была использована для проверки паттерна экспрессии частичных DEG по данным секвенирования. Важно отметить, что все частично известные гены (которые были специфически экспрессированы в лепестках) были отражены в достигнутых DEG, включая: PISTILLATA, APETALA3, SEPALLATA2, SEPALLATA1. Более того, мы обнаружили несколько генов, которые давали высокие уровни различий в экспрессии, но чьи функции были неизвестны. Дальнейший функциональный анализ набора дифференциально экспрессируемых генов поможет нам выяснить механизм развития лепестков и может значительно облегчить селекционную практику на молекулярном уровне.