Иммунные исследования
Открытый доступ

Абстрактный

Сравнение двух методов картирования эпитопов Т-клеток: «бесклеточный» in vitro и иммуноинформатика

Тимоти Дж. Месситт, Фрэнсис Терри, Леонард Мойс, Уильям Мартин, Энн С. Де Гроот

Фон

Методы идентификации физиологически значимых эпитопов Т-клеток критически важны для разработки вакцин и дизайна терапевтических белков. Поскольку число белков, которые оцениваются на предполагаемую иммуногенность, увеличивается, быстрые и точные инструменты пользуются большим спросом. Было разработано несколько методов идентификации эпитопов Т-клеток, самым последним из которых является бесклеточная система, состоящая из минимального набора протеаз, инкубированных с HLA DRB1*0101, HLA-DM и целым антигеном. Выделение и секвенирование пептидов, связанных с HLA, с помощью масс-спектрометрии позволяет проводить перспективную идентификацию иммунодоминантных эпитопов Т-клеток.

Результаты

Мы представляем здесь сравнение этой системы бесклеточной обработки антигена in vitro с иммуноинформационным подходом с использованием алгоритма EpiMatrix. Наше сравнение показывает, что в дополнение к идентификации аналогичного набора эпитопов для бесклеточной системы, иммуноинформационный подход проспективно идентифицирует больше эпитопов HLADRB1*0101 и может одновременно анализировать несколько аллелей HLA. Выводы Хотя бесклеточная система включает обработку антигена и связывание MHC, иммуноинформационный подход идентифицирует множество проверенных эпитопов с очень высокой степенью точности и может быть выполнен гораздо быстрее с гораздо меньшими ресурсами.