Журнал клинических испытаний
Открытый доступ

Абстрактный

Новая сигнатура LncRNA, связанная с купроптозом, предсказывает прогноз у пациентов с карциномой пищевода

Shang Peng, Haipeng Li, Jingting Min, Ran An, Nana Du1, Zhenghong Li*

Введение: Рак пищевода (ESCA) является значимой причиной смертности от опухолей во всем мире. Купроптоз — это новый тип клеточной смерти, который отличается от других типов клеточной смерти, включая ферроптоз, пироптоз и апоптоз. Однако роль купроптоза в инициировании и прогрессировании ESCA остается неизвестной.

Материалы и методы: Данные транскриптома и клинические данные 173 пациентов с раком пищевода в базе данных The Cancer Genome Atlas (TCGA) были отсортированы и извлечены с помощью программного обеспечения Perl. Корреляционный анализ Пирсона был выполнен для генов, связанных с купроптозом, и всех LncRNA. Прогностические связанные LncRNA были определены с помощью одномерного и многомерного регрессионного анализа Кокса, и была построена новая прогностическая модель для расчета оценки риска каждого пациента. Кривая C-индекса, анализ главных компонент (PCA) и анализ кривой рабочей характеристики приемника (ROC) использовались для оценки эффективности прогнозирования модели 3-купроптоз связанных LncRNA (CRL). Кроме того, многомерный анализ Кокса использовался для оценки прогностической ценности модели во всей когорте и в различных подгруппах.

Результаты и обсуждение: Критерии оценки риска 3-CRL, включая EWSAT1, AC125437.1 и GK-IT1, были установлены для оценки общей выживаемости (OS) ESCA. Анализ выживаемости и кривая ROC показали, что оценка имела хорошую прогностическую эффективность в группе обучения TCGA и тестовой группе. Коэффициенты каждой LncRNA были проанализированы с использованием регрессии Лассо, и были определены значения лямбда. Анализ главных компонентов использовался для определения того, могут ли 3-CRL четко различать разрыв между образцами с высоким и низким риском. Многомерная регрессия Кокса показала, что характеристики 3-CRL были независимыми прогностическими факторами OS. Карта Нормана показала надежную эффективность в прогнозировании прогноза.

Заключение: характеристики риска, основанные на 3-CRL, могут быть использованы для прогнозирования пациентов с карциномой пищевода.