Иммунные исследования
Открытый доступ

Абстрактный

Новая парадигма онтологии взаимодействия клеток и молекул: от модели CMM к IMGT-ONTOLOGY

Мари-Поль Лефранк, Пьер-Луиджи Лоллини, Санто Мотта

Предыстория: Биология быстро движется к добродетельному кругу других дисциплин: от данных к количественному моделированию и обратно к данным. Модели обычно разрабатываются математиками, физиками и специалистами по информатике для перевода качественных или полуколичественных биологических знаний в количественный подход. Чтобы устранить семантическую путаницу между биологией и другими дисциплинами, необходимо иметь список наиболее важных и часто используемых концепций, последовательно определенных. Результаты: Мы предлагаем новую парадигму для генерации новых концепций для онтологии, начиная с модели, а не с разработки базы данных. Мы применяем этот подход для генерации концепций взаимодействия клеток и молекул, начиная с модели на основе агентов. Эти усилия обеспечивают надежную инфраструктуру, полезную для преодоления семантических неоднозначностей, возникающих между биологами и математиками, физиками и специалистами по информатике, когда они взаимодействуют в междисциплинарной области. Выводы: Эта работа представляет собой первую попытку связать онтологию молекулы с онтологией клетки в IMGTONTOLOGY, хорошо зарекомендовавшей себя онтологии в иммуногенетике и иммуноинформатике, а также парадигме для биологии наук о жизни. С ростом использования моделей в биологии и медицине необходимость связывать различные уровни, от молекул до клеток, тканей и органов, становится все более важной.