Химиотерапия: открытый доступ
Открытый доступ

Абстрактный

Новая стратегия определения разницы в уровне мРНК 3' UTR и мРНК при болезни Крона

Туо Ху, Хуа-шань Лю, Чи Чжоу, Сянь-жуй Ву, Юй-фэн Чен, Сюань-хуэй Лю, Сяо-вэнь Хэ, И-фэн Цзоу, Сяо-шэн Хэ, Сяо-цзянь Ву, Пин Лань и Цзя Ке

Аннотация Предыстория и цели: Болезнь Крона (БК) является хроническим и рефрактерным воспалительным заболеванием кишечника. 3′ нетранслируемая область (3′ НТО) транскрипта мРНК может регулировать свой собственный трансляционный процесс посттранскрипционно, и ее роль в БК остается неясной. Целью данного исследования было выявление критических генов, влияющих на фенотип БК посредством регуляции 3′ НТО мРНК. Методы: Модель структурных изменений изоформ (IsoSCM) использовалась для оценки длины 3′ НТО всего транскриптома из онлайн-базы данных БК на основе РНК-секвенирования. Корреляции между статусом длины 3′ НТО и уровнем мРНК анализировались с помощью коэффициентов Спирмена. Список коррелированных генов перекрывался с опубликованным критическим списком генов, связанных с БК. Для выявления генов, связанных с фенотипом БК, был проведен одномерный и многомерный анализ. Результаты: По сравнению с нормальным контролем, 3′ UTR 34192 генов были укорочены, а 57389 были удлинены из 432784 генов у пациентов с CD. Было обнаружено, что изменения 3′ UTR 255 генов значительно коррелируют с их уровнем мРНК. Кроме того, 8 перекрывающихся генов были общими для более чем 255 коррелированных генов и известного списка генов, связанных с CD (ABCB1, FAF1, TUT2, IL27, JAK2, LTB, NAGLU и PTPN2). Было обнаружено, что уровень мРНК ABCB1 и JAK2, а также укороченная длина 3′ UTR транскрипта JAK2 коррелируют с глубокой язвой у пациентов с CD с помощью одномерного и многомерного анализа. Выводы: Было подтверждено, что изменения 3′ UTR генов, связанных с CD, связаны с фенотипом CD. Наши результаты могут предоставить дальнейшее понимание эпигенетических механизмов и терапевтических стратегий для CD.