Иммунотерапия: открытый доступ
Открытый доступ
ISSN: 2471-9552
ISSN: 2471-9552
Цзиньсян Тан*, Идань Гао, Чжао Ли, Юаньюань Ван, Линьбан Ван
Предыстория: MMPs представляют собой группу семейных генов, связанных с прогрессированием рака, сообщается, что повышение регуляции большинства генов MMP при раке связано с продвижением инвазии, ангиогенезом и избеганием иммунного надзора. Однако паттерны экспрессии всех MMPs на уровне транскриптома и на уровне отдельных клеток в перспективе панрака не были исследованы.
Методы: Применялись как транскриптом Cancer Genome Atlas (TCGA), так и данные секвенирования отдельных клеток по панканцеру из GEO (Gene Expression Omnibus). Диагностическая модель на основе MMP была построена с помощью регрессионного анализа LASSO. Опухоли были классифицированы на группы с высоким и низким баллом MMP с помощью ssGSEA. Данные по отдельным клеткам были проанализированы с помощью пакета Serat. Характеристики экспрессии MMP были подтверждены с помощью qRT-PCR.
Результаты: MMP1 , MMP11 и MMP12 были повышены почти во всех типах рака. MMP19 и MMP27 значительно понижены в восьми-девяти типах рака. Корреляционный анализ доказал потенциальную связь между экспрессией MMP и иммунитетом опухоли и стволовостью опухоли. Иммунные клетки, включая макрофаги, ответ IFN типа II и Treg, были сильно инфильтрированы в группе с низким баллом MMP , как и ожидалось, функции, включая сигнальный путь Hippo, положительную регуляцию адгезии лейкоцитов к эндотелиальным клеткам сосудов, хемотаксис Т-клеток, более активны в группе с высоким баллом MMP. Анализ отдельных клеток выявил различные паттерны экспрессии MMP в различных кластерах клеток. При этом обнаружено, что MMP7 высоко экспрессируется в макрофагах, а MMP2 высоко экспрессируется в Т-клетках CD8 + .
Заключение: экспрессия большинства ММП увеличилась при раке, ММП продемонстрировали потенциальную диагностическую ценность в сочетании.