Журнал противовирусных и антиретровирусных препаратов
Открытый доступ

Абстрактный

Обильная передача мутантов топоизомеразы I120F РНК-вируса Nsp2 с сопутствующей мутацией белка-шипа D614G в Австралии

Асит К. Чакраборти

Ранее мы предсказали, что белок вируса коронавируса Nsp2 является РНК-топоизомеразой через аминокислотную гомологию между ДНК-топоизомеразой Vibrio haemolytica IA/IV, а также ДНК-праймазой, ДНК-гиразой и двухсубъединичной ДНК-топоизомеразой Trypanosoma brucei IB. Многие ДНК-топоизомеразы I/III обладают активностью РНК-топоизомеразы, и такие повсеместно распространенные ферменты консервативны и участвуют в регуляции репликации и транскрипции. Здесь мы проверили мутационный профиль РНК-топоизомеразы Nsp2, проанализировав полипротеин коронавируса длиной >10000 orf 1a 4405 аминокислот. Мутантные белки были отобраны с помощью поиска BLAST, имеющего 99,84% сходства последовательностей, и часть белка NsP2 длиной 181-818 аминокислот (идентификатор белка QIU82057) была проанализирована с помощью программного обеспечения CLUSTAL Omega. Мы обнаружили 26 различных мутаций, где большинство изменений были выбраны для изолейцина и аланина в валин или лейцина в фенилаланин, что указывает на консервативную природу РНК-топоизомеразы коронавируса. Основные бессмысленные очень распространенные мутации были обнаружены в I120F (изолейцин в фенилаланин). Другими важными мутациями были R27C, I198V, T85I, L410F, I559V и P583S. Мутация I120F была распространена в австралийских изолятах, и ее распространение было отмечено в Бангладеш и других странах, таких как США. Мы предполагаем, что распространенная мутация I120F топоизомеразы Nsp2 может увеличить передачу коронавируса за счет стабилизации структуры РНК для эффективной упаковки вируса. Интересно, что такие мутации были обнаружены в ассоциации с мутацией D614G белка Spike, которая, как известно, увеличивает инфекционность более чем на 70%. Напротив, все проанализированные мутанты P583S Nsp2 не имели сопутствующей мутации белка спайка D614G. Много молчащих мутаций (5-7) были обнаружены с помощью анализа всего генома, но не мутации белка спайка N501Y. Это первый отчет, который предсказывает связь большей передачи коронавируса с мутацией белка Nsp2 I120F и может быть важен для открытия новых противовирусных препаратов.