Передовые методы в биологии и медицине
Открытый доступ

Абстрактный

Достижения в области использования микрочипов для обнаружения и отслеживания пищевых микробов в геномную эру

Баогуан Ли, Иша Р. Патель, Бен Д. Талл и Кристофер А. Элкинс

Вспышки, вызванные пищевыми микробами, представляют серьезную проблему для общественного здравоохранения и безопасности пищевых продуктов во всем мире. Существует большой спрос на быстрые, чувствительные и высокопроизводительные методы обнаружения и отслеживания этих патогенов в пище, воде и других средах. Недавние достижения в области геномной технологии ДНК позволили проводить высокопроизводительный анализ штаммов путем сбора полного геномного содержимого штаммов и сопутствующих сравнительных филогений. Микрочипы особенно искусны в извлечении больших объемов информации о геномной последовательности ДНК, такой как ген(ы) или генетические признаки сотен пищевых изолятов в одном эксперименте. Таким образом, за последние два десятилетия технология микрочипов значительно продвинулась вперед благодаря доступности тысяч полных и черновых микробных геномов, и этот прогресс привел к разработке и производству новых микрочипов, которые теперь могут идентифицировать вариации генной последовательности вплоть до полиморфизма одного нуклеотида. ДНК-микрочип остается полезным инструментом для быстрого и уточненного геномного анализа пищевых микробов. В этом обзоре мы в первую очередь сосредоточимся на обсуждении обнаружения патогенов, идентификации серотипов и отслеживании генетического разнообразия и источника заражения соответствующих пищевых штаммов, используя наш непосредственный опыт использования этой технологии.