Иммунные исследования
Открытый доступ

Абстрактный

Анализ знаний об эпитопах, связанных с микобактериями

Мартин Дж. Блайт, Цин Чжан, Керри Вон, Ромуло де Кастро-младший, Нима Салими, Хюнь-Хоа Буй, Дэвид М. Левинсон, Джоэл Д. Эрнст, Бьорн Петерс и Алессандро Сетте

Предыстория: Туберкулез, вызываемый бактерией Mycobacterium tuberculosis, остается основной причиной заболеваемости и смертности от инфекционных заболеваний и является причиной более 2 миллионов смертей в год. Сообщения о штаммах с чрезвычайной лекарственной устойчивостью (XDR) еще больше усилили чувство срочности разработки новых стратегий профилактики и лечения туберкулеза. Подробные знания об эпитопах, распознаваемых иммунными реакциями, могут помочь в разработке вакцин и диагностических средств и предоставляют важные инструменты для фундаментальных исследований. Анализ данных об эпитопах, соответствующих M. tuberculosis, также может выявить пробелы в наших знаниях и предложить потенциальные области для дальнейших исследований и открытий. База данных иммунных эпитопов (IEDB) составлена ​​в основном из литературных источников и описывает широкий спектр исходных организмов, включая M. tuberculosis и другие виды микобактерий. Описание: Был проведен всесторонний анализ данных IEDB относительно рода Mycobacteria. Распределение эпитопов антител/В-клеток и Т-клеток было проанализировано с точки зрения их ассоциированной эффекторной функции типа распознающей клетки и химических свойств. Также были изучены различные виды, штаммы и белки, из которых был получен эпитоп. Также были рассмотрены дополнительные переменные: хозяин, в котором были определены эпитопы, специфическое состояние заболевания туберкулезом, связанное с распознаванием эпитопа, и HLA, связанный с восприимчивостью к заболеванию и эндемичными регионами. Наконец, на основе этих результатов были созданы стандартизированные справочные наборы данных микобактериальных эпитопов. Заключение: Все текущие данные об эпитопах, связанных с туберкулезом, были впервые каталогизированы из опубликованной литературы. Полученный перечень из более чем тысячи различных эпитопов должен оказаться полезным инструментом для широкого научного сообщества. Также были выявлены пробелы в знаниях, специфичные для данных об эпитопах туберкулеза. Подводя итог, можно сказать, что было определено несколько непептидных или посттрансляционно модифицированных эпитопов. Самое важное, что эпитопы, по-видимому, были определены только из 7% всех ORF, а 30 наиболее часто изучаемых белковых антигенов содержат 65% эпитопов, оставляя большую часть генома M. tuberculosis неисследованной. Также очевиден недостаток информации, касающейся конкретных штаммов, из которых получены эпитопы. Наконец, создание референтных списков микобактериальных эпитопов также должно облегчить будущие исследования вакцин и диагностики.