Иммунные исследования
Открытый доступ
ISSN: 1745-7580
ISSN: 1745-7580
Кристофер П. Тоузленд, Дебра Дж. Клейтон, Хелен Макспаррон, Шелли Л. Хемсли, Мартин Дж. Блайт, Келли Пейн, Ирини А. Дойчинова, Пингпинг Гуань, Чанна К. Хаттотувагама и Даррен Р. Флауэр
AntiJen — это система баз данных, ориентированная на интеграцию кинетических, термодинамических, функциональных и клеточных данных в контексте иммунологии и вакцинологии. По сравнению с ее предшественником JenPep, интерфейс был полностью переписан и переработан и теперь предлагает более широкий спектр методов поиска, включая поиск нуклеотидов и пептидов BLAST. С точки зрения архивируемых данных, AntiJen имеет более богатую и полную широту, глубину и область действия, и это привело к увеличению базы данных до более чем 31 000 записей. AntiJen предоставляет самый полный и актуальный набор данных в своем роде. Хотя AntiJen v2.0 сохраняет фокус как на эпитопах Т-клеток, так и на эпитопах В-клеток, ее величайшей новинкой является архивирование непрерывных количественных данных по различным иммунологическим молекулярным взаимодействиям. Это включает термодинамические и кинетические измерения связывания пептида с TAP и главным комплексом гистосовместимости (MHC), связывание комплексов пептид-MHC с рецепторами Т-клеток, связывание антител с белковыми антигенами и общие иммунологические белок-белковые взаимодействия. База данных также содержит количественные данные о специфичности из библиотек пептидов, специфичных для определенных положений, и биофизические данные в форме коэффициентов диффузии и числа копий клеточной поверхности на MHC и других иммунологических молекулах. Использование AntiJen включает разработку вакцин и диагностических средств, таких как тетрамеры и другие лабораторные реагенты, а также помощь в параметризации биоинформатического или математического моделирования in silico иммунной системы. База данных доступна по URL: http://www.jenner.ac.uk/antijen.