Разработка лекарств: открытый доступ
Открытый доступ

Абстрактный

Карибские растения как источник новых ингибиторов основной протеазы, NSP-15 и РНК-зависимой РНК-полимеразы (RdRp) SARS-Cov-2

Арья Дункан, Джучара Маргетсон, Джада Робертс, Таканна Бэрон, Нилам Буксани

Пандемия Covid-19 с 74 299 042 подтвержденными случаями, включая 1 669 982 случая смерти, о которой ВОЗ сообщила во всем мире (доступно в 1:21 PM EST 20.12.2020), является одной из самых сложных ситуаций, с которыми в настоящее время сталкивается человечество. Хотя некоторые вакцины для лечения этой катастрофической болезни были разработаны ускоренными темпами, но все еще изучение более потенциальных альтернативных методов лечения является потребностью времени. В поисках новых кандидатов на лекарства для лечения этой пандемии было проведено структурное виртуальное скрининговое исследование 125 соединений, выделенных из местных карибских лекарственных растений, таких как алоэ вера, лимонная трава, моринга олифера и лигнум витае, чтобы определить их ингибирующий потенциал против трех основных лекарственных мишеней SARS CoV-2; Основная протеаза (PDB ID: 6LZE), nsp 15 (PDB ID: 6WLC) и РНК-зависимая РНК-полимераза (PDB ID: 7BV2) SARS-CoV-2. Рабочий процесс виртуального скрининга был выполнен с использованием набора Schrodinger small Molecule Drug Discover Suite, в котором соединения были подготовлены и стыкованы в активных центрах всех трех белков. Совместно кристаллизованный лиганд каждого белка использовался в качестве положительного контроля, и все оценки стыковки сравнивались с ним. Из 125 соединений 37 показали благоприятное взаимодействие стыковки с белками по сравнению с нативным лигандом. 13 соединений показали превосходную оценку стыковки против 6LZE, из них самая отрицательная оценка стыковки (-11,962) была у рутина по сравнению с нативным лигандом (-8,095), и он также показал более отрицательную энергию связывания Prime MMGBSA - 70,54 ккал/моль. В случае 7BV2 35 соединений показали лучшие результаты стыковки, чем нативный рамдесивир (-4,566), оценка стыковки (-8,194) виценина-2 была лучшей, он также продемонстрировал почти такую ​​же энергию связывания комплекса (-44,54 ккал/моль), как рамдесивир. В случае 6 WLC на сайте 1 ориентин показал самые отрицательные результаты стыковки ядра (-10,896), в то время как на сайте 2 оценка стыковки свертиаджапонина составляет -12,364. Фармакокинетические (ADME) свойства 37 соединений также были рассчитаны для установления лекарственной схожести потенциальных ингибиторов. В этом исследовании представлены некоторые ведущие молекулы, которые могут быть полезны при разработке препарата для лечения заболевания, вызванного коронавирусом.