Журнал медицинских методов диагностики
Открытый доступ

Абстрактный

Клиническая проверка нового поколения секвенирующей панели для диагностики наследственного колоректального рака

Фербер М.Дж., Петерсон Л.М., Бломмель Дж.Х., Фадра Н.М., Томас Б.С. и др.

Предыстория: Применение секвенирования следующего поколения (NGS) производит революцию в отрасли клинической молекулярной диагностики. По мере того, как это происходит, руководящие принципы для валидации процессов NGS ограничены, неспецифичны и быстро развиваются. Проекты валидации NGS сложны и дороги, поэтому эксперименты по валидации должны быть тщательно продуманы, при этом необходимо убедиться, что все текущие и развивающиеся нормативные требования выполнены.

Методы: Мы проверили сквозной процесс генетического тестирования для панели NGS 16 генов наследственного колоректального рака. Глобальный рабочий процесс был разработан для предоставления высококачественных данных секвенирования для 100% наших целевых регионов. Тестируемыми параметрами анализа были точность, прецизионность, регистрируемый диапазон, референтный диапазон, аналитическая чувствительность и аналитическая специфичность.

Результаты: Было проведено пять запусков прибора, охватывающих 115 образцов, с проверкой процесса от начала до конца. Общая точность части анализа NGS составила 99,98%. Точность обнаружения варианта с одним нуклеотидом составила 100%. Точность обнаружения варианта с вставкой/удалением (INDEL) составила 100% для INDEL от одного до восьми нуклеотидов и 97% в целом (диапазон от одного до 14 нуклеотидов) с помощью NGS. В нашем наборе данных не было ложноотрицательных результатов при чувствительности 100%.

Заключение: Учитывая относительную новизну NGS в клинической обстановке и быстро меняющееся внешнее руководство, клинические лаборатории должны разрабатывать собственные стратегии для проектирования, разработки, валидации и внедрения анализов NGS. Наш опыт подчеркивает выбранную стратегию, а также некоторые преимущества и ограничения NGS.