Клиническая и экспериментальная кардиология
Открытый доступ

Абстрактный

Распространенные варианты в 6 генах, связанных с липидами, обнаруженные с помощью анализа плавления ДНК высокого разрешения, и их связь с липидами плазмы

Джон Ф. Карлквист, Джейсон Т. МакКинни, Бенджамин Д. Хорн, Никола Дж. Кэмп, Лиза Кэннон-Олбрайт, Джозеф Б. Мухлештейн, Пол Хопкинс, Джессика Л. Кларк, Крисса П. Мауэр, Джеймс Дж. Парк, Закари П. Николас, Джон А. Хантингхаус и Джеффри Л. Андерсон

Предыстория: Общий холестерин был одним из самых ранних выявленных факторов риска ишемической болезни сердца (ИБС). Мы стремились идентифицировать генетические варианты в шести генах, связанных с липидным обменом, и оценить их соответствующий вклад в риск ИБС.

Методы: Для 6 липид-ассоциированных генов (LCAT, CETP, LIPC, LPL, SCARB1 и ApoF) мы сканировали экзоны, 5' и 3' нетранслируемые области, а также донорные и акцепторные сайты сплайсинга для вариантов с использованием анализа кривой плавления Hi-Res Melting® (HRMCA) с подтверждением циклическим секвенированием. Здоровые субъекты использовались для обнаружения SNP (n=64), определения гаплотипа/маркировки обнаружения SNP (n=339) и тестирования липидной ассоциации (n=786).

Результаты: В 17 840 основаниях исследованной последовательности было идентифицировано 90 вариантных SNP; 19 (21,1%) ранее не были зарегистрированы. Тридцать четыре варианта (37,8%) были экзоническими (16 не синонимичными), 28 (31,1%) на границах интрон-экзон и 28 (31,1%) в 5' и 3' нетранслируемых областях. По сравнению с циклическим секвенированием, HRMCA имел чувствительность 99,4% и специфичность 97,7%. Маркировка SNP (n=38) объяснила >90% вариации в 6 генах и идентифицировала группы неравновесного сцепления (LD). Значительные полезные липидные профили наблюдались для группы CETP LD 2, групп LIPC LD 1 и 7 и групп SCARB1 LD 1, 3 и 4. Профили риска ухудшились для группы CETP LD 3, группы LPL LD 4.

Выводы: Эти результаты демонстрируют осуществимость, чувствительность и специфичность HRMCA для обнаружения SNP. Варианты, выявленные в этих генах, могут быть использованы для прогнозирования риска, связанного с липидами, и реклассификации клинического риска ИБС.