Журнал клинической и клеточной иммунологии
Открытый доступ

Абстрактный

Сравнительный анализ технологий HLA-типирования низкого, среднего и высокого разрешения для человеческих популяций

Малали Гауда, Шитал Амбардар, Нутан Диге, Ашвини Манджунатх, Чандана Шанкаралингу, Прадип Хиранная, Джон Хартинг, Свати Ранаде, Лата Джаганнатан и Судхир Кришна

Гены, кодирующие человеческий лейкоцитарный антиген (HLA), являются частью главного комплекса гистосовместимости (MHC) на хромосоме 6 человека. Этот регион является одним из самых полиморфных регионов в геноме человека. Предварительные знания аллельных полиморфизмов HLA клинически важны для сопоставления донора и реципиента во время трансплантации органов/тканей. Информация об аллелях HLA также полезна для прогнозирования иммунных реакций на различные инфекционные заболевания, генетические нарушения и аутоиммунные состояния. В Индии проживает более миллиарда человек, и ее население не задействовано для аллельного разнообразия HLA. В этом исследовании мы изучили и сравнили три метода типирования HLA для населения Южной Индии с использованием платформ Sequence-Specific Primers (SSP), NGS (Roche/454) и одномолекулярного секвенирования (PacBio RS II). Более 1020 образцов ДНК были типированы с низким разрешением с использованием метода SSP для определения основных аллелей HLA в популяции Южной Индии. За этими исследованиями последовало среднее разрешение HLA-типирования 80 образцов на основе экзонных последовательностей в системе секвенирования Roche/454 и высокое разрешение (6-8 цифр) типирования 8 образцов для аллелей HLA генов класса I (HLA-A, B и C) и генов класса II (HLA-DRB1 и DQB1) с использованием платформы PacBio RS II. Длинные риды, полученные с помощью технологии SMRT, охватывали полноразмерные гены/аллели класса I и класса II в смежных ридах, включая нетранслируемые области, экзоны и интроны, которые предоставили поэтапную информацию об однонуклеотидных полиморфизмах. Мы идентифицировали три новых аллеля из данных PacBio, которые были проверены секвенированием Roche 454. Это первое исследование случая HLA-типирования с использованием технологий NGS второго и третьего поколения для индийской популяции. Платформа PacBio является перспективной платформой для крупномасштабного HLA-типирования с целью создания базы данных HLA для неиспользованных этнических популяций Индии.