Журнал медицинских методов диагностики
Открытый доступ
ISSN: 2168-9784
ISSN: 2168-9784
Киран Т. Малхотра, Удай Гулати, Бонни Балцер и Хелен И. Ву
В эту новую эру персонализированной онкологической помощи молекулярное тестирование соматических мутаций играет все большую роль в принятии решений о лечении для многих целевых видов терапии рака. Образцы тканей, фиксированных формалином и залитых парафином (FFPET), остаются типичным источником нуклеиновой кислоты для такого тестирования. Поскольку фиксация формалином может повредить нуклеиновые кислоты, а многие образцы опухолей имеют небольшой размер, получение достаточного количества высококачественной ДНК для тестирования мутаций может быть сложной задачей. Учитывая эти преаналитические переменные, наличие стандартизированного и хорошо проверенного метода выделения ДНК из таких типов образцов имеет решающее значение. Мы сравнили два широко доступных коммерческих набора для выделения ДНК (набор для подготовки образцов ДНК cobas от Roche Molecular Systems и набор для ткани QIAamp DNA FFPE от Qiagen) с использованием 120 образцов FFPET из ряда типов опухолей (меланома, рак щитовидной железы, колоректальный рак, рак легких, молочной железы и яичников) и изучили влияние различных методов выделения ДНК на последующую эффективность анализов на основе ПЦР в реальном времени для мутаций BRAF, KRAS и EGFR. Хотя два метода дали сопоставимые количества нуклеиновых кислот, метод cobas совместно очищал значительно меньше РНК (p < 0,001), что было определено путем сравнения выходов ДНК до и после обработки РНКазой. Наличие РНК в извлеченной ДНК было связано с отсроченным пороговым циклом (Ct) в тестах на мутации на основе ПЦР в реальном времени. Метод cobas последовательно давал достаточное количество очищенной ДНК в диапазоне типов опухолей и размеров образцов для тестов на обнаружение мутаций методом ПЦР в реальном времени без необходимости дополнительного этапа обработки РНКазой