Журнал клинических испытаний
Открытый доступ
ISSN: 2167-0870
ISSN: 2167-0870
Хан Чжан†, Вэньхан Чжоу, Сяои Ян, Шужан Вэнь, Байчэн Чжао, Цзялэ Фэн, Бочжоу Чен, Шуин Чен*
Предыстория: PTEN был многофункциональным геном-супрессором опухолей, мутирующим с высокой частотой при различных видах рака. Однако его экспрессия в панраке, коррелированные гены, прогноз выживаемости и регуляторные пути не были полностью описаны. Здесь мы стремились провести всесторонний анализ с вышеуказанных точек зрения, чтобы предоставить ссылку для клинического применения. Методы: Мы изучили уровни экспрессии при раке, используя данные из базы данных TCGA и GTEx. Получите диаграмму экспрессии из базы данных UALCAN, выполните анализ мутаций на веб-сайте cBioportal, получите
корреляционные гены на веб-сайте GEPIA, сконструируйте белковую сеть и выполните анализ обогащения KEGG и GO в базе данных STRING и прогностический анализ на веб-сайте Kaplan-Meier Plotter. Мы также выполнили прогнозирование факторов транскрипции в базе данных PROMO и ассоциацию РНК-РНК/взаимодействие РНК-белок на веб-сервере RNAup и RPISeq. Трехмерная структура гена, последовательность белка и консервативный домен были получены из NCBI.
Результаты: PTEN был недостаточно экспрессирован во всех изученных нами видах рака. Это было тесно связано с клинической стадией опухолей, что позволяет предположить, что PTEN может участвовать в развитии и прогрессировании рака. Мутации PTEN присутствовали во многих видах рака, большинство из которых были мутациями усечения и миссенс-мутациями. Среди видов рака (KIRC, LUAD, THYM, UCEC, рак желудка, рак печени, рак легких, рак молочной железы) пациенты с низкой экспрессией PTEN имели более короткое время общей выживаемости и худший прогноз общей выживаемости. Низкая экспрессия PTEN может вызывать ухудшение безрецидивной выживаемости при определенных видах рака (TGCT, UCEC, LIHC, LUAD, THCA), что позволяет предположить, что экспрессия PTEN была связана с клиническим прогнозом. Наше исследование выявило гены, коррелирующие с PTEN, и провело анализ обогащения GO на 100 связанных с PTEN генах, полученных с веб-сайта GEPIA. Заключение: Понимание гена PTEN и углубленное исследование связанных с ним регуляторных путей может дать представление о выявлении опухолеспецифических биомаркеров и потенциальных клинических терапевтических мишеней.