Иммунные исследования
Открытый доступ

Абстрактный

Критическая роль гликозилирования в определении длины и структуры эпитопов Т-клеток

Там?с Дж. Сабе, Робин Палотаи, Питер Антал, Итай Токатли, Л?сзл? Тотфалуси, Оле Лунд, Дьёрдь Надь, Андрес Фалюс и Эдит И Буз

Предыстория: Используя комбинированный подход in silico, мы исследовали гликозилирование эпитопов Т-клеток и аутоантигенов. Настоящий системный биологический анализ стал возможным благодаря имеющимся в настоящее время базам данных (представляющим полные протеомы, известные эпитопы Т-клеток человека и аутоантигены), а также инструментам прогнозирования гликозилирования. Результаты: Мы проанализировали вероятное гликозилирование последовательностей эпитопов Т-клеток человека, извлеченных из базы данных ImmuneEpitope. Наш анализ показывает, что в отличие от полноразмерных записей SwissProt, только минимальная часть экспериментально подтвержденных эпитопов Т-клеток потенциально N- или O-гликозилирована (2,26% и 1,22% соответственно). Байесовский анализ записей, извлеченных из базы данных Autoantigen, показывает корреляцию между N-гликозилированием и аутоантигенностью. Анализ случайно сгенерированных последовательностей показывает, что на вероятность гликозилирования также влияет длина пептида. Наши данные свидетельствуют о том, что отсутствие гликозилирования пептидов, особенность, которая, вероятно, способствует эффективному распознаванию Т-клетками, могло привести к селективному преимуществу коротких пептидов, чтобы стать Т-клеточными эпитопами. Длина Т-клеточных эпитопов находится на пересечении кривых, определяющих специфичность и вероятность гликозилирования. Таким образом, диапазон длины естественных Т-клеточных эпитопов может обеспечить максимальную специфичность при минимальной вероятности гликозилирования. Заключение: Результаты этого биоинформатического подхода проливают свет на фундаментальные факторы, которые могли сформировать адаптивный иммунитет в ходе эволюции. Наши данные свидетельствуют о том, что гипо-/негликозилирование определенных сегментов белков на основе аминокислотной последовательности может иметь существенное значение для определения Т-клеточного иммунитета/аутоиммунитета.