Журнал гликомики и липидомики
Открытый доступ

Абстрактный

Дифференциальная протеомика с помощью количественной оценки без использования меток для ранней диагностики и прогнозирования рака

Шама П. Мирза

За последние несколько лет дифференциальная протеомика приобрела популярность благодаря своей способности различать протеомы разных состояний путем сравнительного анализа. Это имеет большее значение для определения болезни по сравнению со здоровым состоянием и, таким образом, продвинулось дальше в применении раннего обнаружения, диагностики и прогнозирования заболеваний с использованием количественной оценки белков на основе масс-спектрометрии (МС). Было разработано несколько стратегий с использованием маркировки и безметковых подходов как для относительной, так и для абсолютной количественной оценки белков. Недавние разработки в области МС-инструментария, обширные достижения в области биоинформатики и вычислительной мощности облегчили количественную оценку белков безметковыми методами. Безметковая количественная оценка преодолевает дорогостоящие и обширные рабочие процессы, необходимые в методах маркировки. В нашей лаборатории мы используем безметковый подход к количественной оценке, называемый спектральным подсчетом, для идентификации биомаркеров, специфичных для заболеваний, для ранней диагностики и прогнозирования рака, в частности мультиформной глиобластомы (GBM) и рака эндометрия (EC). В этом исследовании биопсии опухолей и образцы плазмы/сыворотки анализировались с помощью SDS-PAGE для минимизации сложности протеома перед анализом с помощью MS с использованием nanoAquity UPLC-LTQ OrbitrapVelos MS. Анализ данных проводился с использованием алгоритма SEQUEST для идентификации белков и программного обеспечения Visualize для количественной оценки идентифицированных белков с использованием метода спектрального подсчета. В исследовании GBM мы идентифицировали 2214