Медицинская безопасность и глобальное здоровье
Открытый доступ

Абстрактный

Эпидемиологический надзор за резервуарными животными

Пауло Витор Маркес Симас

Ключом к контролю возникающих инфекционных заболеваний является проведение активного эпидемиологического надзора для выявления основных здоровых животных-резервуаров в каждой экосистеме. В этом смысле вид летучих мышей Tadarida brasiliensis широко распространен на Американском континенте, а вид встречается в наиболее густонаселенных районах Бразилии. Этот вид адаптирован к городским районам, что позволяет контактировать и распространять несколько вирусных агентов среди людей, домашних и продуктивных животных. Некоторые вирусные семейства, такие как Coronavirus (CoV), выделяются для санитарно-эпидемиологического надзора, поскольку высокопатогенные штаммы вируса произошли от летучих мышей, таких как SARS в 2002 году, MERS в 2013 году и, вероятно, текущая эпидемия SARS-2. Цель состоит в том, чтобы охарактеризовать вид Coronavirus и его филогенетические связи с использованием вирусной метагеномики у вида летучих мышей T. brasiliensis, типичного вида, распространенного в Америке. Мы использовали анальные и оральные мазки образцов летучих мышей, собранных в лесу Жекитибас, центральный регион города Кампинас, штат Сан-Паулу, Бразилия, в 2011 году. Образцы были подвергнуты секвенированию следующего поколения (NGS) с использованием платформы Illumina HiSeq 2500. Филогенетические анализы были выполнены в MEGA. Поиск сходства BLAST проводился из разных баз данных, и были получены совпадения с последовательностями вирусного происхождения, представляющими большой интерес для надзора за здоровьем, такими как неклассифицированный Alphacoronavirus. Филогенетические анализы только для совпадений коронавирусов включали репрезентативные последовательности всех родов подсемейства Orthocorovirinae — alpha, beta, gamma и deltaCoV и были выполнены с использованием методов максимального правдоподобия (ML) и объединения соседей (NJ). Мы идентифицируем последовательности, филогенетически родственные AlphaCoV-подобным, Appalachian Ridge Cov.2, вирусу диареи свиней (PEDV), HCoV-NL63, коронавирусу летучих мышей 1B, вирусам, имеющим значение для здоровья одного человека. Один образец был проверен с помощью ОТ-ПЦР и секвенирования по Сэнгеру и был похож на PEDV. Учитывая зоонозное воздействие многих CoV, наши результаты вносят значительный вклад в лучшее понимание молекулярной экоэпидемиологии в эволюции этих вирусных агентов до распространения эпидемий.