Иммунные исследования
Открытый доступ

Абстрактный

Разработка пептидной вакцины на основе эпитопа против гликопротеина G вируса бешенства Мокола с использованием подходов In silico

Мохаммед АА, Хашим О, Элрахман КАА, Хамди А и Хассан МА

Предыстория: Лиссавирус считается забытым, зоонозным и тропическим вирусом. Среди всех известных сегодня видов лиссавирусов вирус Мокола уникален и, по-видимому, встречается исключительно в Африке. Этот вирус вызывает менингоэнцефаломиелит у млекопитающих, поэтому предсказание эпитопов соответствующих остатков белка in silico важно для создания пептидной вакцины с мощным иммуногенным и минимальным аллергическим эффектом. Целью данного исследования было разработать вакцину против вируса Мокола, используя его гликопротеиновые пептиды в качестве иммуногена для стимуляции защитного иммунного ответа.
Методы и материалы: Последовательности гликопротеина G Моколы были исследованы из NCBI, затем последовательности были выровнены для получения консервативных областей. Номинированные эпитопы из базы данных иммунных эпитопов были проанализированы с помощью различных инструментов прогнозирования для В-клеток, Т-клеток MHC класса II и I. Затем последовательности были выровнены с помощью ClustalW, реализованного в программе BioEdit.
Результаты и выводы: Для теста Bepipred B-клеток общее количество консервативных эпитопов составило 85. Для прогнозирования доступности поверхности Emini 36 консервативных эпитопов превысили порог по умолчанию 1,0. В антигенности Kolaskar и Tongaonkar 36 консервативных эпитопов дали оценку выше порога по умолчанию 1,045. Однако только три эпитопа прошли три теста (LYTIPEK, LAHQK, YPSVPS). Референтный штамм гликопротеина был проанализирован с помощью инструмента прогнозирования связывания MHC-I IEDB для прогнозирования эпитопа T-клеток. Было предсказано, что двадцать консервативных пептидов будут взаимодействовать с различными аллелями MHC-I. Для прогнозирования связывания MHC-II было обнаружено, что 47 консервативных эпитопов взаимодействуют с аллелями MHC-II. Пептиды GQILIPEMQ, FRRLSHFRK и FVGYVTTTF имели сродство к связыванию наибольшего количества аллелей MHC-II. Охват населения мира для трех наиболее перспективных пептидов MHC-I FVDLHMPDV, FVGYVTTTF и RLFDGTWVS составил 67,42%, в то время как охват населения мира для наиболее перспективных пептидов MHC-II составил 99,77%, для связывания с MHC-I и MHC-II охват населения мира для пептида FVG TTTF составил 99,31%.