Иммунные исследования
Открытый доступ

Абстрактный

EpitopeViewer: Java-приложение для визуализации и анализа иммунных эпитопов в базе данных и анализе иммунных эпитопов (IEDB)

Джон Э. Бивер, Филип Э. Борн и Юлия В. Пономаренко

Предыстория: Структурная информация об эпитопах, в частности трехмерные (3D) структуры антигенов в комплексе с иммунными рецепторами, представляет собой ценный источник данных для иммунологии. Эта информация доступна в Protein Data Bank (PDB) и предоставляется в курируемой форме Immune Epitope Database and Analysis Resource (IEDB). С постоянным ростом этих данных и важностью понимания взаимодействий на молекулярном уровне, представляющих иммунологический интерес, возникает потребность в новых специализированных инструментах молекулярной визуализации и анализа. Результаты: EpitopeViewer — это платформенно-независимое Java-приложение для визуализации трехмерной структуры и последовательности эпитопов и анализа их взаимодействий с антигенспецифическими рецепторами иммунной системы (антителами, рецепторами Т-клеток и молекулами MHC). Просмотрщик отображает как трехмерные виды, так и двумерные графики межмолекулярных взаимодействий между антигеном и рецептором(ами), считывая курируемые данные из IEDB и/или рассчитывая «на лету» из координат атомов из PDB. 3D-виды и связанные с ними взаимодействия можно сохранить для будущего использования и публикации. Доступ к EpitopeViewer можно получить с веб-сайта IEDB http://www.immuneepitope.org по быстрой ссылке \'Просмотр записей по 3D-структуре\'. Заключение: EpitopeViewer разработан и протестирован для использования иммунологами с небольшим или нулевым уровнем подготовки в области молекулярной графики. EpitopeViewer можно запустить из большинства популярных веб-браузеров без вмешательства пользователя. Требуется Java Runtime Environment (RJE) 1.4.2 или выше