Иммунные исследования
Открытый доступ

Абстрактный

FLAVIdB: система интеллектуального анализа данных для обнаружения знаний о флавивирусах с прямым применением в иммунологии и вакцинологии.

Предыстория Род флавивирусов необычайно велик, включает более 70 видов, из которых более половины являются известными человеческими патогенами. Он включает набор клинически значимых инфекционных агентов, таких как вирусы денге, лихорадки Западного Нила, желтой лихорадки и японского энцефалита. Хотя эти патогены были тщательно изучены, для большинства флавивирусов отсутствуют безопасные и эффективные вакцины. Результаты Мы собрали базу данных, которая объединяет антигенные данные флавивирусов, специализированные инструменты анализа и рабочие процессы для автоматизированных сложных анализов, ориентированных на приложения в иммунологии и вакцинологии. FLAVIdB содержит 12 858 записей последовательностей антигенов флавивирусов, 184 проверенных эпитопа Т-клеток, 201 проверенный эпитоп В-клеток и 4 репрезентативные молекулярные структуры белка оболочки вируса денге. FLAVIdB был собран путем сбора, аннотации и интеграции данных из GenBank, GenPept, UniProt, IEDB и PDB. Данные подвергались всестороннему контролю качества (устранение избыточности, обнаружение ошибок и консолидация словаря). Дальнейшее аннотирование выбранных функционально значимых признаков выполнялось путем организации информации, извлеченной из литературы. База данных была включена в доступную через Интернет систему интеллектуального анализа данных, объединяющую специализированные инструменты анализа данных для комплексного анализа соответствующих категорий данных (белковые последовательности, макромолекулярные структуры и иммунные эпитопы). Система интеллектуального анализа данных включает инструменты для анализа изменчивости и сохранения, прогнозирования эпитопов Т-клеток и характеристики нейтрализующих компонентов эпитопов В-клеток. FLAVIdB доступен по адресу cvc.dfci.harvard.edu/flavi/ Заключение FLAVIdB представляет собой новое поколение баз данных, в которых данные и инструменты интегрированы в инфраструктуры интеллектуального анализа данных, специально разработанные для содействия рациональному проектированию вакцин путем обнаружения вакцинных целей.