Журнал гликомики и липидомики
Открытый доступ

Абстрактный

Геномная сортировка и характеристика клещей в запутанном мобиломе

Гоцзюнь Ян

Миниатюрные инвертированные повторяющиеся мобильные элементы (MITE) являются интересными мобильными элементами (TE) из-за их большого количества копий и загадочных идентификаций. Несмотря на низкий процент содержания ДНК в геноме, их многочисленные копии могут нарушать геномную стабильность и вызывать важные генетические вариации. Исторически семейства MITE часто обнаруживались по отдельности, практика не может идти в ногу с крупномасштабным секвенированием генома. Автоматизированное обнаружение семейств MITE по всему геному и их характеристика являются желательными. Мы разработали целый конвейер от открытия MITE до детального анализа MITE в геномных масштабах. Используя конвейер, мы провели углубленный анализ семейств MITE в нескольких недавно выпущенных геномах сельскохозяйственных культур. Эти анализы выявили разнообразие семейств MITE и их эволюцию в геноме хозяина. Мы также предсказали транспозазы, которые могут быть ответственны за мобилизацию некоторых семейств MITE. Эти семейства MITE потенциально могут быть использованы в качестве генетических маркеров для улучшения этих видов сельскохозяйственных культур.