Журнал физической химии и биофизики
Открытый доступ

Абстрактный

Гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин К связывается с богатой цитозином последовательностью проксимального промотора фактора, индуцируемого гипоксией 1 альфа, который образует стабильный i-мотив при нейтральном pH

Диана Дж. Урибе, Юн-Джу Шин, Эрик Лау, Скот В. Эббингауз и Дэкю Сан

Проксимальный промотор гена фактора 1 альфа, индуцируемого гипоксией (HIF-1α), содержит полипуриновый/полипиримидиновый (pPu/pPy) тракт, который, как было показано, влияет на 90% его транскрипционного контроля. Известно, что богатая гуанином последовательность этого тракта pPu/pPy является структурно динамичной, легко образуя G-квадруплексную структуру с паттерном сворачивания 1:6:1. В настоящем исследовании мы продемонстрировали, что богатая цитозином (богатая C) последовательность в тракте pPu/pPy промотора HIF-1α способна образовывать две основные внутримолекулярные структуры i-мотивов с паттернами сворачивания 3:3:3 или 3:4:2 вблизи физиологического pH с использованием кругового дихроизма, бромного футпринтинга и сайт-направленного мутационного анализа. Эти структуры являются первыми известными i-мотивами, которые образуются при нейтральном pH с переходным pH при 6,9, которые, как было обнаружено, образуются в проксимальной последовательности промотора онкогенов. Кроме того, анализы сдвига электрофоретической подвижности (EMSA) в сочетании с бромным футпринтингом показали, что гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин K (hnRNP K) способен связываться с развернутым состоянием богатой C последовательности специфическим для последовательности образом. В совокупности наши результаты показывают, что структуры i-мотивов, которые образуются в богатой C последовательности промотора HIF-1α, могут образовываться в физиологических условиях и что hnRNP K может связываться с этой богатой C последовательностью.