Иммунные исследования
Открытый доступ

Абстрактный

Анализ гомозиготности у лиц, страдающих аутоиммунными заболеваниями, и семей с множественными аутоиммунными заболеваниями

Джон Кастибланко и Хуан-Мануэль Анайя

Аутоиммунные заболевания (АД) являются причиной значительной части инвалидности и заболеваемости во всем мире. Исследования обычно фокусируются на одном заболевании, хотя аутоиммунные фенотипы могут представлять собой плейотропные результаты неспецифических генов заболеваний, лежащих в основе схожих иммуногенетических механизмов. В этом отчете изучалось влияние и важность статуса гомозиготности с использованием маркеров, распределенных по всему геному, у отдельных лиц и мультиплексных семей, пораженных АД. В этом исследовании были представлены два подхода: (I) сравнение случай-контроль и оценка влияния гомозиготности на уровне всего генома и на маркер, включая 453 неродственных человека (121 с поздним, 79 с ранним началом АД, 40 с полиаутоиммунитетом (Polyautoimmunity (PolyA), 30 с множественным аутоиммунным синдромом (MAS) и 183 здоровых контрольных человека); и (II) подход сцепления пар пораженных без модели, который включал 35 MAS, 49 с полиА, 104 с поздним и 83 с ранним началом мультиплексных семей. Всего в анализе было использовано 372 маркера по всему геному. Была рассчитана стандартизированная наблюдаемая гомозиготность ( S OH) и оценена ассоциация статуса гомозиготности и аутоиммунного признака. Многоточечный анализ сцепления без модели был применен с использованием RELPAL из SAGE v6.3. Результаты для S OH показали значительные различия между контрольной группой и лицами с ранним началом, где лица с ранним началом показали более низкую гомозиготность по сравнению с контрольной группой. Никаких различий по сравнению с контрольной группой для MAS, полиА и заболевания с поздним началом на уровне всего генома не наблюдалось. Локальный эффект гомозиготности маркера показал долю и специфический риск и/или защитные эффекты для 24 маркеров. Подход сцепления пар без модели не выявил никаких предполагаемых сигналов сцепления, но маргинальные сигналы показали избыточное совместное использование аллелей для экстремальных фенотипов при аутоиммунитете. Это исследование предполагало аутоиммунитет как признак, а не клинический фенотип, и пыталось подойти к AD как к непрерывному признаку, представляющему экстремальные фенотипы. Ожидается, что будущие подходы будут основываться на представленных здесь данных для подтверждения и расширения размера выборки, охвата маркеров и их эффектов.