Иммунные исследования
Открытый доступ

Абстрактный

Идентификация конформационных В-клеточных эпитопов в антигене по его первичной последовательности

Хифзур Рахман Ансари

Предыстория: Одной из основных задач в области разработки вакцин является прогнозирование конформационных эпитопов В-клеток в антигене. В прошлом было разработано несколько методов для прогнозирования конформационных эпитопов В-клеток в антигене по его третичной структуре. Это первая попытка в этой области предсказать конформационный эпитоп В-клеток в антигене по его аминокислотной последовательности. Результаты: Все модели машины опорных векторов (SVM) были обучены и протестированы на 187 неизбыточных белковых цепях, состоящих из 2261 взаимодействующих с антителами остатков эпитопов В-клеток. Модели были разработаны с использованием бинарного профиля паттерна (BPP) и физико-химического профиля паттернов (PPP) и достигли максимального MCC 0,22 и 0,17 соответственно. В этом исследовании впервые была разработана модель SVM с использованием профиля состава паттернов (CPP) и достигла максимального MCC 0,73 с точностью 86,59%. Мы сравниваем нашу модель на основе CPP с существующими методами на основе структуры и наблюдаем, что наша модель на основе последовательности так же хороша, как и методы на основе структуры. Заключение: Это исследование показывает, что предсказание конформационного эпитопа В-клеток в антигене возможно из его первичной последовательности. Это исследование будет очень полезным для предсказания конформационных эпитопов В-клеток в антигенах, третичные структуры которых недоступны. Разработан веб-сервер CBTOPE для предсказания эпитопа В-клеток http://www.imtech.res.in/raghava/cbtope/.