Журнал клинических испытаний
Открытый доступ
ISSN: 2167-0870
ISSN: 2167-0870
Личао Цао, Ин Ба, Цзинь Ян*, Хэцзы Чжан*
Предыстория: В данной работе изучается использование биомаркеров, определяемых метилированием, для диагностики и прогнозирования колоректального рака (КРР) путем анализа данных о метилировании ДНК и экспрессии генов из Атласа генома рака (TCGA), проекта «Генотип-ткань» (GTEx) и базы данных по экспрессии генов (GEO).
Методы: Дифференциально экспрессируемые гены (DEG) и дифференциально метилированные гены (DMG) были проверены с использованием данных по экспрессии мРНК и метилированию ДНК из TCGA соответственно. Гены, управляемые метилированием (MDG) CRC, были дополнительно идентифицированы с использованием пакета MethylMix R. Затем MDG были проанализированы с помощью алгоритмов Random Forest (RF), Support Vector Machine (SVM) и Logistic Regression (LR) для установления моделей прогнозирования диагноза в качестве независимых индикаторов с использованием данных по экспрессии мРНК из TCGA и GTEx. Алгоритм RF был определен как наиболее подходящий и использовался для построения диагностической модели с объединенными MDG, которая затем была подтверждена GSE39582 из GEO. Прогностические биомаркеры использовались для установления модели оценки риска, которая была создана с помощью одномерного и многомерного регрессионного анализа Кокса. Кроме того, мы построили и подтвердили номограмму, которая интегрировала оценку риска и клиническую информацию, включая возраст, пол и стадию опухоли.
Результаты: 9 из 10 ЦРТ хорошо зарекомендовали себя в качестве независимых диагностических предикторов, а STK33 и EPHX4 также оказались связаны с общей выживаемостью (OS). Результаты номограммы показывают, что это лучшая предиктивная модель для прогнозирования, чем модель оценки риска.
Заключение: Наши результаты показывают, что выявленные ЦРТ могут быть биомаркерами для диагностики и прогнозирования КРР.