Транскриптомика: открытый доступ
Открытый доступ
ISSN: 2329-8936
ISSN: 2329-8936
Вибха Мандхан и Кашмир Сингх
Stevia rebaudiana Bertoni, из-за своей пищевой важности и ее нового использования в качестве натурального подсластителя, привлекает внимание во всем мире. Чтобы лучше понять сеть регуляции генов этого растения, мы инициировали высокопроизводительное секвенирование малых РНК для обнаружения новых микроРНК (миРНК). miRNAs представляют собой класс коротких эндогенных некодирующих молекул малых РНК длиной около 18-22 нуклеотидов, основная функция которых заключается в подавлении экспрессии генов различными способами, такими как трансляционная репрессия, расщепление мРНК и эпигенетическая модификация. Мы создали библиотеку sRNA S. rebaudiana и после ее секвенирования с помощью анализатора генома illumina II, было получено в общей сложности 30 472 534 прочтений, представляющих 2 509 190 различных последовательностей. Из этих прочтений было предсказано двенадцать 12 новых miRNA, предшественники которых потенциально были получены из EST стевии и нуклеотидных последовательностей. Все новые последовательности ранее не были описаны в стевии или других видах растений. Предполагаемые целевые гены были предсказаны для большинства новых miRNA, которые включают в себя в основном мРНК, кодирующие ферменты, регулирующие основные метаболические и сигнальные пути растений. Наш результат увеличил количество miRNA в стевии, что должно быть полезно для дальнейшего изучения биологических функций и эволюции miRNA в стевии и других видах растений.