Иммунотерапия: открытый доступ
Открытый доступ

Абстрактный

Иммунные транскрипты тихоокеанской устрицы: личинки Crassostrea gigas, экспрессия которых меняется в результате воздействия бактерий

Цзин Фан, Сяохуэй Цай, Фэнъи Мао, Хунъюй Ли, Хунлинь Чен, Минхуа Цянь, Джейкоб Р. Хэмбрук, Патрик К. Хэнингтон, Синьчжун Ву

Предыстория: Морские моллюски, живущие в приливно-отливных и эстуарных зонах, такие как устрицы, сталкиваются с многочисленными патогенными проблемами во время своего развития. Инфекция от таких бактерий, как Vibrio alginolyticus , является основным фактором, влияющим на развитие личинок, и часто приводит к высокой смертности тихоокеанской устрицы Crassostrea gigas . Известно, что иммунный ответ устрицы играет важную роль в защите животного во время развития, смягчая последствия инфекции.

Результаты: В этом исследовании мы провели комплексный анализ иммунного ответа личинок C. gigas на воздействие V. alginolyticus . Мы секвенировали транскриптом личинки C. gigas в 0 часов, что означает личинку устрицы без какой-либо обработки в качестве контроля и через 6, 12, 24, 48 и 72 часа после заражения. После РНК-секвенирования необработанные считывания доступны в Архиве считываний последовательностей NCBI под номером доступа PRJNA623063. После фильтрации было получено и собрано в общей сложности 58,24 Гб чистых считываний с использованием референсного генома C. gigas . Распределение качества Q30 было выше 90,88% для каждого образца, а содержание GC варьировалось от 41,27% до 42,91%. При сравнении с последовательностями в базах данных COG, GO, KEGG, Swiss-Prot и NR было обнаружено 1267, 1112, 2187, 682, 1133 дифференциально экспрессируемых генов, аннотированных через 6, 12, 24, 48, 72 часа после заражения соответственно. Многочисленные иммунные гены демонстрировали дифференциальную экспрессию, которая менялась с течением времени: толл-подобные рецепторы, трехкомпонентные мотивные белки, лектин-подобные факторы, рецепторы-мусорщики, компоненты сигнальных путей, такие как миелоидный фактор дифференциации 88, и стрессовые белки, такие как белок теплового шока 70 кДа, все они были обнаружены в большем количестве после заражения V. alginolyticus по сравнению с контролем. Для анализа эти гены были разделены на несколько категорий, таких как рецепторы распознавания образов, фибриногеноподобные белки, молекулярные паттерны, связанные с повреждением, факторы комплемента и т. д. Мы также изначально обнаружили много подавленных генов, связанных с иммунитетом, у личинок C. gigas в течение первых 72 часов заражения, таких как TRIM2, TRIM45, TRIM56, TRIM71, макрофагальный маннозный рецептор 1, аполипопротеин D, цитохром P450, Rho-связанный белок, стресс-индуцированный белок 1, HSP68 , HSP75 , HSP70 B2, гем-связывающий белок 1, гем-связывающий белок 2, белок, связывающий тяжелые металлы HIP, гемицентин-1 и т. д. Эти общие категории позволили нам сформировать профиль иммунного ответа для C. gigas в течение первых 72 часов заражения. Эти результаты показывают, что бактериальная инфекция вызывает сложную картину экспрессии иммунных генов у личинок C. gigas .

Заключение: Наше исследование будет способствовать целенаправленному изучению функций конкретных иммунных факторов, которые могут объяснить разнообразие и эволюцию иммунных молекул беспозвоночных и привести к разработке эффективных мер по улучшению показателей разведения устриц.