Иммунные исследования
Открытый доступ

Абстрактный

Иммуноинформатический анализ протеома H5N1 для разработки вакцины на основе эпитопа и прогнозирования распространенности уже существующего клеточно-опосредованного иммунитета к вирусу птичьего гриппа у населения Индонезии

Марсия Густиананда

Предыстория Устойчивость вируса гриппа А H5N1 среди домашней птицы в Индонезии, а также рост числа случаев заражения людей этим вирусом указывают на риск реассортации с другими распространенными подтипами гриппа А в Индонезии. При отсутствии перекрестных защитных антител к появляющемуся штамму наличие клеточного иммунитета может снизить заболевание гриппом до субклинического уровня и ослабить пандемию. В этом исследовании оценивалась степень вероятного перекрестного защитного иммунитета, опосредованного Т-клетками, против таких гипотетических появляющихся штаммов гриппа А. Все 11 белковых последовательностей из индонезийских изолятов H5N1 были оценены на наличие эпитопов Т-клеток, ограниченных индонезийскими типами HLA.
Результаты Из 4433 возможных нонамерных пептидов 225 были предсказаны как хорошие эпитопы CTL (оценка < 1%) по NetCTLpan и имели сильную связывающую аффинность (IC50 < 50 нМ) по отношению к молекулам HLA по IEDBann и netMHCann. Анализ сохранения эпитопов показал, что по крайней мере 60% индонезийских изолятов H5N1 содержали идентичные последовательности этого набора из 225 пептидов. Шестьдесят девять пептидов были специфичны для H5N1, а 156 были перекрестно-реактивными с другими подтипами. Значительное количество (184) пептидов связывалось с более чем одним аллелем HLA (беспорядочные связи). Анализ бластов показал, что большинство (213) пептидов не имели сходства с собственными пептидами человека, которые, вероятно, вызывают аутоиммунитет при использовании для вакцинации. Некоторые пептиды могут выступать в качестве ядра для молекул HLA класса II, а некоторые накладываются на предполагаемые линейные эпитопы B-клеток. Восемнадцать пептидов появились как вероятные компоненты вакцины, оптимизированные для индонезийской популяции, но, вероятно, также эффективные среди большинства других этнических групп.
Выводы Рутинное воздействие сезонного гриппа A, вероятно, обеспечивает некоторый уровень перекрестного защитного иммунитета к H5N1 и большинству мутантов реассортации. Выявление таких вероятных перекрестно-реактивных эпитопов T-клеток может помочь в оценке угрозы потенциальных вспышек и составлении вакцин, которые могли бы их сдерживать.