Иммунные исследования
Открытый доступ

Абстрактный

Иммуноинформатическое прогнозирование вакцины на основе пептидов против вируса африканской чумы лошадей

Малаз Абдельбаги, Тартил Хасан, Мохаммед Шихабельдин, Санаа Башир, Эльхалил Ахмед, Эльмоез Мохамед, Шауги Хафиз, Абда Абдельмоним, Тассним Хамид, Шимаа Авад, Ахмед Хамди, Хубиб Али и Мохаммед А. Хасан

Предыстория: Африканская чума лошадей (AHS) — вирусное заболевание лошадиных. Переносится кровососущими комарами Culicoides (Diptera, Ceratopogonidae) и вызывает тяжелое заболевание у лошадей, которое может привести к смерти. Вирус африканской чумы лошадей (AHSV) — это вирус с двухцепочечной РНК (dsRNA) с десятью сегментами генома, кодирующими семь структурных белков (VP1-VP7) и четыре неструктурных белка (NS1, NS2, NS3, NS3A). Целью данного исследования является анализ белка (VP2) штаммов вируса африканской чумы лошадей (AHSV), зарегистрированных в базе данных Национального центра биотехнологической информации (NCBI), для выбора всех возможных эпитопов, которые могут быть использованы для разработки пептидной вакцины.

Материалы и методы: 7 сентября 2016 года из базы данных Национального центра биотехнологической информации (NCBI) (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/?term=VP2+African+horse+sickness+virus) было извлечено в общей сложности 27 последовательностей внешнего капсидного белка (VP2) вируса африканской чумы лошадей (AHSV). На них было проведено несколько тестов с использованием базы данных анализа иммунных эпитопов (IEDB) для обнаружения высококонсервативных иммуногенных эпитопов В- и Т-клеток, из которых можно было бы выбрать все возможные эпитопы, которые можно использовать в качестве терапевтической пептидной вакцины.

Результаты и обсуждение: Что касается эпитопов, которые могли бы вызвать иммунный ответ антител, «FSPEYY, DKVVEDPESY и YDTDQNVV» были предложены для стимуляции В-клеток. В то время как 5 эпитопов для каждого MHC I и II рассматривались как потенциально перспективные эпитопы, поскольку они связывали наибольшее количество аллелей, было обнаружено, что все эти эпитопы имеют высокую аффинность связывания и самую низкую энергию связывания с гаплотипом молекулы класса I MHC лошади (ELA-A3) на структурном уровне. Эпитопы «YAYCLILAL и YTFGNKFLL» были представлены, поскольку они были связаны с наибольшим количеством аллелей. Несмотря на связывание с 4 аллелями, был представлен эпитоп WFFDYYATL, поскольку он имеет самую низкую глобальную энергию. Насколько нам известно, не существует вакцины на основе эпитопов для вируса африканской чумы лошадей (AHSV), использующей подходы in silico.