Иммунные исследования
Открытый доступ

Абстрактный

Характеристика иммуногенных эпитопов in silico, представленных HLA-Cw*0401

Джу Чуан Тонг, Зонг Хонг Чжан, Джей Томас Аугуст, Владимир Брусич, Тин Ви Тан и Шоба Ранганатхан

Предыстория: Продукты локуса HLA-C плохо изучены отчасти из-за их низкой экспрессии на поверхности клеток. Последние данные указывают на то, что эти молекулы служат основными элементами рестрикции для эпитопов цитотоксических Т-лимфоцитов (CTL) вируса иммунодефицита человека типа 1 (ВИЧ-1). Здесь мы сообщаем о структурно-ориентированной методике прогнозирования связывания пептидов с Cw*0401. Модели были тщательно обучены, протестированы и проверены с использованием экспериментально проверенных связывающих и несвязывающих пептидов Cw*0401, полученных из биохимических исследований. Новая схема подсчета облегчает идентификацию иммунологических горячих точек внутри антигенов на основе суммы прогнозируемых энергий связывания четырех верхних связывателей в пределах окна из 30 аминокислот. Результаты: Высокая предсказательная способность достигается при тестировании на обучающих (r2 = 0,88, s = 3,56 кДж/моль, q2 = 0,84, spress = 5,18 кДж/моль) и тестовых (AROC = 0,93) наборах данных. Характеристика предсказанных последовательностей связывания Cw*0401 указывает на то, что аминокислоты в ключевых якорных позициях имеют общие физико-химические свойства, которые хорошо коррелируют с существующими экспериментальными исследованиями. Заключение: Анализ предсказанных пептидов, связывающих Cw*0401, показал, что остатки якоря могут не быть ограничивающими, а карманы связывания Cw*0401 могут, возможно, вмещать широкий спектр пептидов с общими физико-химическими свойствами. Потенциальные репертуары эпитопов Т-клеток, специфичные для Cw*0401, для гликопротеинов ВИЧ-1 p24gag и gp160gag хорошо распределены по обоим гликопротеинам, с тринадцатью и девятью иммунологическими горячими точками для гликопротеинов ВИЧ-1 p24gag и gp160gag соответственно. Эти результаты дают новое понимание селективности пептида HLA-C, указывая на то, что предварительный отбор пептидов-кандидатов HLA-C может происходить на уровне TAP до загрузки пептида в эндоплазматический ретикулум.