Иммунные исследования
Открытый доступ

Абстрактный

Прогнозирование in silico вакцины на основе пептидов против вируса оспы кур (FPV)

Идрис С.Т., Салих С., Башир М., Эльхади А., Камель С., Абд-эльрахман К.А., Хамди А. и Хасан М.А.

Вирус оспы кур (FPV) — это двухцепочечный ДНК-вирус, член семейства Poxviridae , который передается через аэрозоли и укусы насекомых и вызывает кожную и дифтерийную инфекцию у домашней птицы. Целью данного исследования было разработать пептидную вакцину путем выбора всех возможных эпитопов после анализа всех последовательностей белка FPV140, представленных в базе данных NCBI, с использованием подходов in silico . После выравнивания извлеченной последовательности консервативная область была применена в инструменте анализа IEDB для прогнозирования эпитопов В- и Т-клеток, затем была протестирована аффинность прогнозируемых эпитопов для связывания с куриным рецептором (BF2*2101) (BF2*0401) для молекулы MHC1, пептиды с низкой энергией при стыковке с рецептором были предложены в качестве вакцины на основе эпитопов. Пептиды (50 PPSPKP 55, 51 PSPKPL 56, 52 SPKPLP 57, 53 PKPLPK 58, 54 KPLPKS 59, 55 PLPKSK 60, 56 LPKSKQ 61 и 18 RPSSTV 23) были наиболее потенциальными эпитопами В-клеток, в то время как (110 YIMDNAEKL 118, 274 FYHRMYYPL 282, 278 MYYPLFSVF 286 231 YVVDNDRYV 239 и 317 LLSGVFLAY 325) стыкованные эпитопы, предположительно, являются эпитопами Т-клеток из-за их хорошей связывающей аффинности, особенно этот перекрывающийся эпитоп 110 YIMDNAEKL 118. Это исследование пришло к выводу, что эти предсказанные эпитопы могут использоваться для создания хорошей вакцины против FPV после исследований in vitro и in vivo для оцените его эффективность.