Лекарственные и ароматические растения
Открытый доступ

Абстрактный

Характеристика in-silico, структурное моделирование, исследования стыковки и филогенетический анализ гена 5-енолпирувилшикимат-3-фосфатсинтазы Oryza sativa L.

Убайд Якуб, Танушри Каул, Саураб Пандей и Иршад Ахмад Научу

5-енолпирувилшикимат-3-фосфатсинтаза (EPSPS) является одним из жизненно важных ферментов пути шикимата, который участвует в биосинтезе вторичных метаболитов и нескольких аминокислот. Многократное выравнивание последовательностей этих последовательностей белков EPSPS из разных растений показало консервативные области на разных участках с максимальной гомологией в аминокислотных остатках. Мы выявили гомологичную модель белка Oryza sativa EPSPS (OsEPSPS), используя структуру EPSPS E. coli в качестве шаблона. Полученная структура модели была уточнена с помощью PROCHECK, сервера RAMPAGE, ProSA, Verify3D и т. д., что показало, что структура модели надежна. Анализ графика Рамачандрана показал, что конформации для 94,3% аминокислотных остатков находятся в пределах наиболее благоприятных областей. С помощью анализа мотивов было выявлено, что консервативный домен EPSPS единообразно обнаруживается во всех белках EPSPS независимо от различных видов растений, что предполагает его возможную роль в клеточных и метаболических функциях. Построенное филогенетическое дерево выявило различные кластеры на основе EPSPS в отношении бактерий, однодольных и двудольных растений. Взаимодействующие партнеры гена показывают важность этого семейства генов в регуляции функций развития и метаболизма. Два консервативных мотива LP(G/S)KSLSNRILLLAAL и LFLGNAGTAMRPL, присутствующие почти во всех видах растений EPSPS, могут функционировать как каталитические домены ферментов EPSPS и, как предполагается, вносят вклад в сайт связывания глифосата.