Антропология
Открытый доступ

Абстрактный

Интегративная биология 2016: Свернутая назад межспиральная ДНК - Бён-Донг Ким - Сеульский национальный университет

Бёнг-Донг Ким

Сложенная назад межспиральная ДНК (FBI) — это совершенно уникальная и временная конфигурация дуплексной ДНК, которая включает 4 практические части: гнутую головку, межспиральный стебель, тупой хвост межспирального конца и гетеродуплексы. FBI ДНК впервые была обнаружена в необычных конфигурациях проса мт ДНК и была исследована на предмет ее осуществимости с помощью версии ДНК с заполнением области. FBI ДНК формируется с помощью изгиба назад в одном месте дуплексной ДНК, чтобы направить фланговые антипараллельные двойные спирали для переплетения в каждой другой главной канавке для формирования межспиральной спирали. Повторяющиеся последовательности внутри межспиральной спирали образуют 4-цепочечное спаривание оснований. Переворачивание оснований повторов приводит к образованию гетеродуплексов и гомологичной рекомбинации. Эта диффузная трансформация двойной спирали в форму ДНК FBI играет важную роль в опосредовании 4 основных транзакций ДНК-ДНК, а именно, α-делеции с помощью использования прямых повторов, Ω-инверсии веб-страницы с помощью использования инвертированных повторов, вставки кончика FBI в вставку веб-страницы и негомологичного выхода, становящегося членом и заполняющего дырку (EHEJ-GF) в транспозиции. Наиболее существенно, что трансфигурация ДНК FBI в гетеродуплексы дает мощный механизм паранемического разделения дочерних цепей после репликации ДНК, которые в любом другом случае могли бы быть захвачены после раскручивания плектонемической двойной спирали ДНК на репликационной вилке.

Биохимические и биоинформатические доказательства в литературе, которые помогают ДНК ФБР для неизбежного присутствия и работы внутри фактической биологии, могут быть представлены. В совокупности внимание к динамическим и многочисленным трансформациям формы ДНК ФБР может позволить совершенно новое знание многочисленных функций ДНК, их взаимодействие на стадии генома и при дифференциации клеток. Предложения по методам изучения судьбы могут быть обсуждены. ДНК с обратной спиралью (FBI) формируется с помощью использования складчатой ​​нижней части спины в одном факторе неспиральной параллельной настройки двухцепочечной ДНК под углом до 180° и переплетения двойных спиралей внутри каждой другой главной канавки для формирования интерспирали диаметром 2,2 нм. ДНК ФБР было рекомендовано опосредовать внутримолекулярную гомологичную рекомбинацию делеции и инверсии. Межмолекулярная гомологичная рекомбинация, называемая вставкой веб-страницы, с другой стороны, опосредована с помощью использования прямого перпендикулярного метода кончика ДНК ФБР, как веб-страницы attP, на целевую ДНК, как веб-страницы attB. Транспозиция ДНК-транспозонов влечет за собой спаривание терминальных инвертированных повторов и тандемную целевую дупликацию 5-7-bp. Конфигурация ДНК ФБР эффективно объясняет простую и репликативную транспозицию, наряду с участием детали усилителя. Большинство многочисленных ретротранспонируемых факторов, которые нанимают механизм дупликации целевой веб-страницы, также рекомендуется соблюдать перпендикулярную вставку, опосредованную ДНК ФБР, спаренных концов межспиральных концов с помощью негомологичного выхода-становления членом, вместе с заполнением отверстий.

A genome-extensive angle of transposable factors in mild of FBI DNA is discussed. The transposable detail (TE) became first defined with the aid of using McClintock as a controlling detail that jumps from one role to some other withinside the maize chromosome withinside the mid- 1940s, lengthy earlier than the invention with the aid of using Watson and Crick of the double helix shape of DNA as a genetic detail. It became a time whilst, after the rediscovery of Mendel’s Law of Heredity in 1900, the cytogenetic look at of chromosomes became at the vanguard of genetics and whilst genes have been concept to be beads on a string positioned at the chromosome. It became withinside the overdue Nineteen Seventies and early Eighties whilst insertion series (IS) factors and transposons (Tn) have been observed and observed to be much like McClintock’s controlling factors, and her AC/DS factors have been showed on the DNA series stage as a TE. Salient functions of DNA transposable factors (dTEs), which include terminal inverted repeats (TIRs), goal web page duplication (TSD), the transposase gene, and easy and replicative transposition mechanisms were properly installed with the aid of using great molecular biology and biochemistry studies. Then, unfashionable transposable factors (rTEs), which include lengthy terminal repeat (LTR)-retrotransposons, non- LTR-retrotransposons, and different unfashionable-factors, have been being delivered to the repertoire because the Eighties to make the image numerous and complicated.

Многие новые семьи TE доставляются, в основном из эукариот, даже с помощью использования вычислительного скрининга в эпоху постгенома, что потребовало совершенно нового типа, в первую очередь основанного полностью на их системах и механизмах транспозиции. Наличие ДНК с обратной обратной связью (FBI) было впервые упомянуто с помощью Кима в 1985 году и доказано с помощью версии заполнения области для опосредования внутримолекулярной гомологичной рекомбинации инверсий и делеций. Кроме того, в 1987 году было доказано, что ДНК FBI может опосредовать межмолекулярные перестройки ДНК, включая вставки, характерные для веб-страниц, на кончике обратной связи и транспозиционную интеграцию ДНК на выходе из межспиральной связи безразличного dTE. На этой оценке можно проверить, как опосредование транспозиции ДНК FBI может быть продлено до исключительного обучения и семей rTE. Эта оценка сократит описания реплик и внимание к механистическим функциям, которые применимы к полезности ДНК ФБР к механизмам транспозиции ДНК. TSD служит обычным местом ориентира гармонии в механизмах транспозиции для обоих dTE и rTE. Самым простым исключением на сегодняшний день является суперсемейство Helitron, в котором отсутствует TSD и используется версия репликации с катящимся кольцом. Поскольку TSD генерируется в какой-то момент интеграции TE в хромосому хозяина, это показывает, что мгновенное промежуточное звено интеграции находится в форме двухцепочечной ДНК, независимо от того, является ли РНК или одноцепочечная ДНК предварительным промежуточным звеном.

Эта работа частично представлена ​​на 4- ^й Международной конференции по интегративной биологии, 18–20 июля 2016 г., Берлин, Германия.