Передовые методы в биологии и медицине
Открытый доступ

Абстрактный

Метагеномный анализ молекулярного профиля рака молочной железы с использованием Genie — инструмента для определения приоритетов генов на основе литературы: новый подход

Амит Кумар Ядав и Видья Джа

Предыстория: Биологическая сложность и гетерогенность рака молочной железы может быть объяснена молекулярным профилем. Метод микрочипов является методом выбора для его изучения. Но есть определенные ограничения. Вычислительные методы являются новым методом для изучения профиля экспрессии генов.

Материалы и метод: Genie, свободно доступное веб-программное обеспечение, использовалось для анализа литературы, генной и гомологической информации из баз данных MEDLINE, NCBI Gene и HomoloGene. В качестве входных данных были указаны целевые виды (Homo sapiens) и биомедицинская тема (рак молочной железы). В соответствии с предоставленными входными данными гены целевых видов расставляются по приоритетам.

Результаты: Ранжирование, данное 1906 сообщенным генам, не соответствовало ожидаемым линиям. Поэтому они были вручную переранжированы в соответствии с количеством совпадений. Они были сужены до 70. Кодируемые этими генами белки и их функции были получены из базы данных NCBI. На основе их функции и роли в канцерогенезе эти гены были затем сгруппированы в отдельные категории.

Заключение: Продемонстрирован новый вычислительный подход к изучению молекулярного профиля рака молочной железы. Предложена панель из 70 генов для изучения профиля экспрессии генов рака молочной железы. Эти гены всесторонне оценивают все аспекты молекулярного патогенеза рака молочной железы и рекомендованы для будущих клинических исследований.