Иммунные исследования
Открытый доступ

Абстрактный

Усовершенствование модели с помощью высокопроизводительных вычислений: пример ВИЧ на основе агентов

Димитрий Перрен, Хизер Дж. Раскин, Мартин Крейн

Предыстория: Недавние достижения в иммунологии подчеркнули важность локальных свойств в общем прогрессировании ВИЧ-инфекции. В частности, желудочно-кишечный тракт рассматривается как ключевая область во время ранней инфекции, и связанное с ним массивное истощение клеток может влиять на последующее прогрессирование заболевания. Это побудило к разработке крупномасштабной модели на основе агентов.

Результаты: Лимфатические узлы реализованы явно, а соображения по параллельным вычислениям позволяют проводить большие симуляции и включать локальные особенности. Полученные результаты показывают, что включение ЖКТ в модель приводит к ускоренному прогрессированию заболевания как на ранних стадиях, так и в долгосрочной перспективе по сравнению с теоретической однородной моделью.

Выводы: Эти результаты подтверждают потенциал политик лечения, которые в настоящее время изучаются и которые фокусируются на этом регионе. Они также подчеркивают потенциал этой моделируемой структуры, включающей как агентские, так и сетевые компоненты, в контексте сложных систем, где масштабирование само по себе не приводит к моделям, предоставляющим дополнительные идеи.