Анестезия и клинические исследования
Открытый доступ

Абстрактный

Молекулярная стыковка и анализ лигандов, полученных in silico, против белков-спайков и репликазы SARSCoV-2

Ифеаньичукву Океке*, Космас Океке

С помощью молекулярной стыковки библиотека лигандов, созданных in silico, была пристыкована к белкам-спайкам и репликазе SARS-CoV-2 для выявления лидов, склонных связывать их с высокой аффинностью. Выявленные лиды, как оказалось, связывают эти белки с более сильной аффинностью, чем нативный лиганд, способствуя их метаболическим процессам in vivo . При этом было отмечено, что белок-спайк связывается со своим клеточным рецептором с аффинностью связывания -4,8 ккал/моль; он связывается с неклеточным аналогом с -5,4, в то время как 4twy 3BL и 5n19 D03 связывают белок-спайк с аффинностью связывания -7,3 ккал/моль каждый. Они также связывают белок-реплику с -8,2 и -7,2 ккал/моль соответственно. Результаты показывают, что идентифицированные лиганды могут преимущественно вытеснять или ингибировать связывание вирусных белков с их собственными эндогенными лигандами и что как клеточное присоединение через взаимодействие шипа и ACE2, так и процесс репликации вируса могут быть ингибированы с использованием всего лишь одного из идентифицированных веществ. В ходе исследования 5c8s G3A и 2d2d ENB были идентифицированы как наиболее подходящие лиды, которые благоприятно расположены для обнаружения белка шипа SARS-CoV-2 в биологических образцах, в то время как 3d62 959 и 1r4l XX5 были идентифицированы как лиды с наиболее подходящим сходством с лекарственным средством против SARS-CoV-2 на основе фильтров SwissADME и Molinspiration cheminformatics и, следовательно, заслуживают дальнейших оценок in vitro и in vivo .