ISSN: 2161-0398
Сачин Патодиа, Ашима Багария и Дипак Чопра
Моделирование МД стало важным инструментом для понимания физической основы структуры белков и их биологических функций. В течение текущего десятилетия мы стали свидетелями значительного прогресса в моделировании МД белков с развитием алгоритмов атомистического моделирования, силовых полей, вычислительных методов и средств, всестороннего анализа и экспериментальной проверки, а также интеграции в широкополосные биоинформатики и структурные/системные рамки биологии. В этом обзоре мы представляем методологию моделирования белков и последние достижения в этой области. Моделирование МД предоставляет платформу для изучения взаимодействий белок-белок, белок-лиганд и белок-нуклеиновая кислота. Моделирование МД также выполняется с временной шкалой релаксации ЯМР для получения остаточной дипольной связи и параметра порядка молекул белка.