Передовые методы в биологии и медицине
Открытый доступ

Абстрактный

Прогнозирование вакцины с мультиэпитопным пептидом против вируса Эбола в Судане с использованием иммуноинформатических подходов

Ахмед Хамди Абу-Хараз * , Хубиб Али Абд-эльрахман, Моджахид Салах Ибрагим, Валид Хасан Хусейн, Мохаммед Сиддиг Мохаммед, Марван Мустафа Бадави и Мохамед Ахмед Салих

Вирус Эбола Судан представляет собой одноцепочечный геном отрицательной РНК, принадлежащий к семейству филовирусов Filoviridae, вызывающему геморрагическую лихорадку. Лечения или вакцины от него не существует, поэтому целью данного исследования является разработка пептидной вакцины с использованием иммуноинформатических подходов для анализа гликопротеина всех штаммов SUDV, чтобы определить консервативную область, которая далее изучается для предсказания всех возможных эпитопов, которые могут быть использованы в качестве пептидной вакцины. Всего 21 гликопротеин вируса Эбола Судан, извлеченный из базы данных NCBI, был выровнен для определения консервативности и предсказания эпитопов с использованием аналитического ресурса IEDB. Три эпитопа предсказаны как пептидная вакцина для В-клеток (PPPPDGVR, ETFLQSPP, LQSPPIRE). Для Т-клеток четыре эпитопа показали высокое сродство к MHC класса I (FLYDRLAST, IIIAIIALL, MHNQNALVC и RTYTILNRK) и высокий охват против Судана и всего населения мира. Также в MHC класса II, четыре эпитопа, которые взаимодействуют с наиболее частыми аллелями MHC класса II (FAEGVIAFL, FLRATTELR, FLYDRLAST и FVWVIILFQ) с высоким охватом против Судана и всего населения мира. Мы рекомендуем исследования in vivo и in vitro, чтобы доказать эффективность этих предсказанных эпитопов в качестве пептидной вакцины.